吉林船厂是明朝洪武年置，辖建造及维护吉林舟师的职能，是安东卫和远三万户府之间的中转站，以转达政令和转运物资。建制上归安东卫韩王朱松、朱冲爩、开原镇守亦失哈管理；吉林舟师统领为庄德、崔源又作胡源、琐胜哥、刘清。《高皇帝实录》：“洪武二十八年六月十九日，辛巳，周兴等率师至开元卫，得知西阳哈在黑松林（今巴彦县北境黑山），命令指挥庄德，领舟师顺脑温江（嫩江）下忽剌温戳卢口（少陵河口）。时步军亦进至忽剌江（呼兰河），分为三道，宋晟率指挥钱忠、张玉、卢震军由西北同河（通河县西伯河）至阿阳哈寨，刘真率指挥房宽军，由松花江北岸东南戳卢口至蒙古山寨（今木兰县蒙古尔山）。指挥景诚、朱胜军由中道忽剌温江东北出铜佛寨、者迷河（依吉密河）、黑松林等处。但是，明军扑了个空，西阳哈早已于二月河冻时过松花江。刘真等率兵由斡朵里（今依兰县马大屯）追至甫达迷旧城（今宾县永宁古城），适天雨昼晦，不及而还。获女直镇抚管三并男女六百五十余人，马四百余匹。遣人入奏。
据介绍，当年船厂的大体位置在临江门头道码头至
温德河入江口一带的松花江沿岸。建成后的船厂东西532米，南北60米。
由于
沙俄的不断入侵，吉林乌拉船队进行有效抵御，充分体现了吉林乌拉“可远迎长白，近绕松江，扼三省之要冲，为两京之屏障”的重要地理位置以及在吉林乌拉驻兵、造船、操练
八旗水师的重要性。顺治十八年（1661年），吉林水师营正式走进历史舞台。
康熙初年，
清廷从
福建调入善于水战的官兵充实吉林水师营，吉林水师营从此兴起。
康熙十年（1671年），因船厂战略地位重要，增设了吉林副督统，“居官谦明，严而不苛”的
宁古塔副都统安珠湖奉旨率八旗军队3000人，到今吉林市临江门东一带设置副都统衙门开始选址修建吉林城。康熙十二年（1673年）吉林乌拉城雄踞松花江北岸。
康熙十五年（1676年），宁古塔将军
巴海奉旨移驻新城，依江而居，督修造船，日习水战，以备抗俄。吉林水师营平时进行军事训练。每年开江或封江时，水师都要进行大规模的操练，由将军和副都统前往检阅部队。
从此，吉林乌拉取代了宁古塔的军政地位，成为当时东北三大军事重镇之一。也是东北造船业的中心，
黑龙江、松花江上的战船和运输船均由此监造。
康熙二十四年（1685年），清廷与沙俄最终对决打响。吉林水师作为水师劲旅直接参战，吉林船厂所造大小船舰装运水师溯江扬帆而上，水陆并进，三路直抵
雅克萨城。被沙俄盘踞了40年之久的雅克萨城，破获于数日之间。翌年，第二次雅克萨大战，康熙颁发谕旨速修战舰，并再调福建水路将领林兴珠驾舰出征。水陆会同作战，吉林战舰在自卫反击战中立下汗马功劳。在此期间也运输了大量军用物资，确保了战役的全面胜利。
古老的
东北水域恢复平静。条约签订后，吉林水师营驻吉林城、伯都讷、阿勒楚喀、三姓等沿江重镇，巩固国家边防。
2012年6月，
吉林市船营区人民政府出资建设
吉林水师营博物馆正式免费向市民开放，博物馆从明清吉林水师营的兴起、安珠湖吉林船厂与建城、康熙东巡检阅水师营、吉林水师营与
雅克萨之战、乾隆东巡吉林、吉林水师营结束历史使命六个专题展区，带市民“穿越”300多年的时光，使吉林水师营辉煌的历史渐渐清晰。
近日，记者来到位于吉林市船营区德胜路206号的
吉林水师营博物馆。1000平方米的博物馆，分别是明清吉林水师营的兴起、安珠湖吉林船厂与建城、东巡检阅水师营、吉林水师营与雅克萨之战、乾隆东巡吉林、吉林水师营结束历史使命六个专题展区。以吉林水师营的兴衰历史为主线，通过图片、景观复原，雕塑等手段立体直观地展示吉林水师营的历史，以及清圣祖康熙皇帝、清高宗乾隆皇帝东巡检阅吉林水师营的壮观场面。“博物馆刚刚开馆几日，却吸引了许多吉林市民和外地游客竞相到这里来参观。”博物馆负责人李晶说，吉林水师营博物馆是吉林市“十二五”期间重大文化工程之一，2012年6月份正式对外开放，市民可免费参观。