康熙初，以一等侍卫同学士郭廷祚视淮安河决。十三年，大将军顺承郡王勒尔锦讨
吴三桂，吴丹奉使军中，宣谕机宜。王辅臣叛，命署副都统，从鄂泰驻太原。旋复命署建威将军，移师潼关。十五年，从大将军
图海征平凉，击贼虎山墩，辅臣乞降，吴丹率数骑入城，安抚降人。十七年，授护军统领。时汉中、兴安尚为三桂兵所据，上趣图海进军，以吴丹参赞军务，战於牛头山、香泉，屡破贼。图海入觐，命仍佩建威将军印，暂统大兵。旋从图海徇镇安，偕将军
佛尼埒战於火神崖，破贼，渡乾玉河，克梁河关，遂复兴安。上命
图海还驻凤翔，分兵畀吴丹，与将军
王进宝下四川，为后继。十九年，与进宝击贼蟠龙、锦屏诸山，大破之，遂复保宁，获三桂将吴之茂等。时将军
赵良栋亦复成都，吴丹与
佛尼埒分兵取顺庆、重庆，并下达州、东乡、太平诸州县。诏取泸州，趋云南。吴丹复从佛尼埒战於豹子山，破泸州贼。会永宁复为贼得，仁怀亦不守，良栋劾吴丹不急赴援，解将军印还汉中。事定，还京，王大臣等议罪，夺职。寻授三等侍卫兼佐领。
二十九年，喀尔喀台吉额尔克阿海等为乱，噶尔丹亦犯边，命从大将军裕亲王讨之，战於乌阑布通，噶尔丹败走。裕亲王命吴丹与参领色尔济、博尔和岱诇噶尔丹所在，知远去已数日，乃还。途值喀尔喀叛者，并遇害，赠散秩大臣，予拖沙喇哈番世职。