为了进行外呼吸而特殊分化的器官。换言之，是将呼吸表面限定在局部，并作为适应性结构发展起来的器官。体制单纯的动物或活动迟钝的动物，多进行
皮肤呼吸和
肠呼吸，而不具有特殊的呼吸器官，即使有分化的呼吸器官，也是常常与皮肤呼吸、肠呼吸共同进行，呼吸器官如
腹足类的
栉鳃为专门的分化器官，此外还有兼其他生理机能者，如
瓣鳃类的瓣状鳃以及
多毛类的
侧足等。共同特点：（1）具有薄壁和丰富的血液供应（2）由于有突起。褶襞和分支等而总
表面积显著扩大，提高内部介质与外部介质间的气体交换效率。
呼吸器官的起源，随着各生物的种类而异，但其方式和形状与机能相适应而呈趋同状态，一般水中呼吸的动物总称为鳃（
鳃呼吸），
空气呼吸动物总称为肺（
肺呼吸），各具有类似的性质。但是陆生的
节肢动物，有发达的称为
气管系的独特的空气呼吸器官。鳃大都是突出于体表，适于外部的水与其表面接触。与此相反，而肺和气管则深入体内，适量地摄入空气，并防止由蒸发而引起的水分损失。空气呼吸器官为了通气多少需要活泼的
呼吸运动，鳃呼吸动物的呼吸运动也常常是作为辅助机能而出现。这是对水中气体扩散速度低的一种适应。从
系统发生来看，鳃发达的为
环节动物、
软体动物和节肢动物，在
无脊椎动物中其居于高等的地位，可认为这种呼吸器官与
生殖器官、
消化器官相比，发展的比较晚。
脊椎动物早先可能是用皮肤和
消化管进行呼吸，就是在相当程度上也进行
皮肤呼吸（例如蛙）和
肠呼吸（例如
泥鳅）。不论是
鱼类或
两栖类其幼体的鳃，或两栖类成体及
羊膜类的肺，都接近消化管的前端，即由咽部分化而来。从而在
发生学上将消化管的部位有时被称为鳃肠。