商部高等实业学堂的前身是南洋公学，由近代著名实业家、教育家盛宣怀于1896年在上海创建。南洋公学是我国最早兼有师范、小学、中学和大学这一完整教育体系的学校，其创办背景与甲午战败后的民族危难以及盛宣怀的“自强首在储才，储才必先兴学”信念密切相关。

南洋公学（1896-1904）：十九世纪末，甲午战败，民族危难。近代著名实业家、教育家盛宣怀秉持“自强首在储才，储才必先兴学”的信念，于1896年在上海创建了南洋公学，这是我国最早兼有师范、小学、中学和大学这一完整教育体系的学校。

为了开办商务学堂，盛宣怀早在几年前就开始准备。在1899年一份奏折中就提到要办商务学堂，“应准其自己集资开设商务学堂，专教商家子弟，以信义为本，以核算为用，讲求理财之道，数年后商务人才辈出，则税务司、银行、铁路、矿务皆不患无算之人矣”。他主持实业多年，多次受到官场弹劾和排挤，他联想到如果能懂商学，有商律，商人利益就能得到保护。他的想法比较超前，清政府也给予认可。

1901年，盛宣怀被清廷委以会办商约大臣，他又上奏清廷《请设商务学堂片》。还多方收集有关西方商务学堂信息，包括1902年3月委托驻德国大臣吕海寰购得31本有关各国商部制度章程及商律全书等。还派福开森赴英、美、比、德、奥、瑞等国家考察商务学堂，要福开森将这些国家的商务学堂“折衷比较，不厌其详”，并将各个学堂办理的异同、办法、连同建筑图样等一并报上。

1901年清政府颁“兴学诏书”，鼓励兴办学堂，指出：“兴学育才，实为当务之急”，令各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府、厅、直隶州均设中学堂。盛宣怀结合南洋公学开办6年多来的实绩，结合新学制关于高等教育阶段的要求，1902年上奏清政府，请求将设在非省城的南洋公学改称为“南洋高等公学堂”。清政府批复：“管学大臣议奏。”

然而1902年底爆发“墨水瓶”事件后，盛宣怀在生源不足、经费拮据的情况下无奈将公学规模缩减，译书院停办、特班停办，师范院也裁撤了，他开始着手将南洋公学改办成商务学堂，培养商务人才。盛宣怀这一被迫之举，却又像当时南洋公学开一代风气之先一样，在重农抑商的传统社会里，又比别人先走一步，在商学领域里独树一帜。

1903年春夏之际，盛宣怀与主管全国学务的张百熙再三晤商。张百熙同意在南洋公学上院开设高等商务学堂。于是盛宣怀又开始厘定章程，延聘外国教习等，商务学堂于1903年9月6日正式开学。

1903年9月29日，盛宣怀又一次呈奏《南洋公学开办高等商务学堂折》：“时局既以商务为亟，而商学尤以储才为先，现在各省设立高等学堂，考求政艺，不患无人，独商学专门未开风气。”故此，盛请将上院作为商务学堂，将本年毕业的中院生递升上院学商务，以尽早收效，并请颁给毕业生出身文凭。皇帝给予“管学大臣议奏”批。1903年10月，南洋公学改名为“高等商务学堂”。

1904年夏，供款部门招商、电报两局隶归商部，南洋公学随之归属商部管辖。盛宣怀致函商部尚书载振，建议南洋高等商务学堂移交商部接管：“自京师大学堂后，各行省学校如林，各种学科逐渐赅备。惟商业为当务之急，上海为通商首埠，顾名思义，因地制宜，况当列强商战之秋，自应预储此项人才，上备朝廷任使。”他认为自己在1903年开办的高等商务学堂正是出于这样的思考。根据学务大臣奏定章程，参照东西洋实业各科办法，由华洋教习拟定课程认真讲授，才得以维持发展至今。现在归属商部后，名副其实，学堂应该有更好发展前途。

1904年12月1日，载振复函盛宣怀，评价公学规模宏大，程度颇高，并催报公学历年办理情况。

1905年1月盛宣怀让公学总理张美翊把公学历年来办理情形整理成文，并把历年基地产、教职员姓名薪水、经费、各届学生姓名（包括留学生）等整理成8本清册呈送商部，办理移交。

1905年3月，商部具奏清廷，得到允准，南洋高等商务学堂归并商部，改称“商部高等实业学堂”。由杨士琦任监督，并废除督办、总理、提调职务，设教务、斋务、庶务三长。伍光建为第一任教务长。同月盛宣怀辞去督办职务，经营近10年的南洋公学作为学校初创时期告一段落。由于隶属关系变化和人事关系变动，学校受实业部门管辖，不属于学部管理范围，所以办学方向逐渐向工科转化，也是实业救国思想的一种直接反映。

邮传部上海高等实业学堂：1906年，学校改隶邮传部，校名也随之更改为邮传部高等实业学堂。

南洋大学堂：1911年11月6日，辛亥革命刚刚爆发之际，唐文治校长宣布：“本校自即日起改名中国南洋大学堂” ，之后带头剪辫，以示拥护革命，摆脱封建旧制的束缚。

交通部上海工业专门学校（1912-1921）：1912年，学校改隶北京国民政府交通部，更名为交通部上海工业专门学校。并将铁路科改为土木科，电机科改为电气机械科。1918年3月，学校又增设铁路管理科，这是我国设立此科之开端，开创了工管结合的先河。

交通大学上海学校（1921-1922）：1921年，叶恭绰任北洋政府交通总长时，将交通部所属三所高校（上海、北京及唐山）统一更名为交通大学。学校定名为交通大学上海学校，并在全国率先成立董事会，校长亦由董事会选举产生。叶恭绰当选为校长，张铸为沪校主任，凌鸿勋和张廷金为副主任。学校在原有电机科外又增设了机械科。

交通部南洋大学（1922-1927）：1922年4月，由于政局变动，叶恭绰出走海外，交通大学随后又被分为南洋大学、唐山大学、北京交通大学三校。

交通部第一交通大学：1927年7月，南京国民政府交通部决议改组南洋大学为交通部第一交通大学，唐山大学为第二交通大学，北京交通大学为第三交通大学。

国立交通大学（上海本部）（1928-1942）：1928年，为加强对交通教育的管理，交通部将分立的第一、第二、第三交通大学再次合并统称交通大学，同年10月，南京国民政府为加强全国铁路管理权，增设铁道部，学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院。

国立交通大学（重庆总部）（1942-1946）：1942年日军侵占上海租界后，交通大学总部从上海转移到重庆九龙坡。此时期，交大开展院系建设。重庆商船专科学校并入交大组建造船等新专业，创办电讯研究所。学校规模扩大，教学设施、条例逐步完善。

国立交通大学（1946-1949）：抗日战争胜利后，三校各自迁回原址。1946年起，三校各自独立。在上海的仍沿用国立交通大学校名，在唐山的改称国立唐山工学院，在北平的改称国立北平铁道管理学院。

中华人民共和国诞生后不久，国务院根据国家经济建设发展战略的需要，决定交通大学主体内迁西安；1957年，分设为交通大学西安、上海两个部分，实行统一领导；1959年，两部分分别独立建校，西安部分定名为西安交通大学，上海部分定名为上海交通大学，史称交通大学西迁，并由此产生了伟大的西迁精神。

1958年，经交大旅美校友和在台校友的创议和奔走，在台湾新竹成立交通大学电子研究所。1967年，电子研究所改制为工学院。1979年，更名为交通大学。2021年2月1日，台湾新竹交通大学与阳明大学合并成为“阳明交通大学”。

此时期毕业生多赴外国留学，学堂首次正式设立商务专科，并制定《商部高等实业学堂章程》和《附属高等小学总章》。