国务院2014年9月2号发文批复，批准设立喀什综合保税区。喀什综合保税区成为新疆第二个、南疆首个综合保税区。

喀什经济开发区综合保税区位于喀什国际机场北部东侧，恰克马克河以南区域，规划面积3.56平方公里。主要设置保税仓储、保税物流、保税加工、展览展示、口岸操作、航空货运和综合配套服务等七大功能区，具备国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易和出口加工等功能。

国内货物入区视同出口，实行退税；国外货物入区保税；货物出区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。

2010年5月，中央正式批准设立喀什特殊经济开发区。

2011年9月，《国务院关于支持喀什霍尔果斯经济开发区建设的若干意见》提出，支持在经济开发区内设立海关特殊监管区。同年，海关总署发布的《关于进一步支持新疆发展和稳定的8项措施》提出，在喀什经济开发区积极培育设立海关特殊监管区域和以喀什为重点规划布局海关特殊监管区域。

2013年5月，国务院批准的《喀什经济开发区总体发展规划》提出，依托喀什国际机场和国际铁路货运站，推动设立、建设喀什综合保税区。