四川农业大学小麦研究所是四川省人民政府批准建立的专业研究机构，隶属四川农业大学，是国家“双一流”重点学科作物学共建单位，是“西南作物基因资源发掘与利用国家重点实验室”、“作物基因资源与遗传育种”教育部国际合作联合实验室的组成单位。

1984年，四川省人民政府批准在都江堰市建立四川农业大学小麦研究所。

1988年，开始招收博士研究生。

1991年4月19日，前中共中央总书记、国家主席江泽民于视察四川农业大学小麦研究所，对研究工作给予了充分肯定。

2008年，研究所在“5.12汶川大地震”后搬迁到成都校区。

2018年5月，农业部作物基因资源与种质创制四川科学观测实验站建成。

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，研究所共有专职教学科研人员25人，教学科研辅助人员22人；其中，教授14人、副教授6人，获得国外博士学位2人，23人具有国外留学经历；师资方面，国务院政府特殊津贴4人，国家百千万人才工程一、二层次首批人选1人，新世纪百千万人才工程国家级人选3人，中国科学院“百人计划”1人，教育部新世纪优秀人才计划4人，天府万人计划2人，四川省学术和技术带头人6人，四川省有突出贡献的优秀专家5人，四川省特别人才计划1人。

国家百千万人才工程人选：郑有良、周永红、刘登才、魏育明

新世纪优秀人才支持计划人选：刘登才、魏育明、颜泽洪、王际睿

享受国务院政府特殊津贴专家：郑有良、周永红、刘登才、魏育明

霍英东教育基金获得者：王际睿

天府万人计划领军人才：刘登才

天府万人计划农业大师：魏育明

四川省学术和技术带头人：郑有良、周永红、刘登才、魏育明、王际睿、康厚扬

四川省有突出贡献的优秀专家：郑有良、刘登才、魏育明、颜泽洪、王际睿

四川省特别人才计划：黄林

四川省教学名师：周永红

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，研究所组建7个实验室和崇州基地管理办公室；此外，还是“西南作物基因资源发掘与利用国家重点实验室”、“作物基因资源与遗传育种”教育部国际合作联合实验室的组成单位。

实验室&基地名单：分子生物学实验室、基因工程实验室、种质资源与材料创新实验室、种质资源库及标本室、细胞遗传实验室、品质遗传与分析实验室、小麦育种室、崇州基地管理办公室

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，研究所成立以来，全面系统考察、收集和征集中国和世界范围的小麦族资源，建立了中国国内外完善的小麦族种质资源基因库和标本室；共保存了世界范围的小麦族30属400余种万余份小麦族种质资源，完成了30属364种5063份标本的数字化，包括模式标本29份；建立了3个新属，发现了13个新种；根据建立的小麦族分类新体系，出版了《小麦族生物系统学》专著1-5卷，涵盖30个属464个物种；同时，为了更好利用小麦外源物种资源，重点围绕小麦族属种进化生物学、基因资源发掘、种质资源创新利用等进行研究，每年在中国国内外学术刊物发表相关研究论文50篇左右；利用发掘的优异资源，培育了川农16、良麦2号、良麦3号、良麦4号、蜀麦375、蜀麦482、蜀麦969、蜀麦51、滇麦1号、滇麦2号、蜀麦921、蜀麦126、蜀麦830、蜀麦580、蜀麦133、蜀麦137，蜀麦114、蜀麦1613、蜀麦1671和蜀麦1675等小麦新品种，川中鹅观草和川引鹅观草、川西肃草等牧草新品种；获省部级以上科技奖励20项。

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，研究所重点围绕小麦族生物系统学、基因资源发掘、种质资源创新与育种利用等开展研究工作。

据此，组建了三个研究团队：

（1）小麦族系统学与资源利用研究团队：主要开展小麦族系统与进化、小麦族资源评价与创新两个方向研究；

（2）小麦细胞遗传与染色体工程育种团队：主要开展远缘杂交和异源多倍化遗传学、外源基因利用新技术研制、人工合成小麦育种利用三个方向研究；

（3）小麦重要性状基因鉴定及育种利用团队：主要开展小麦育种性状基因定位、功能基因的分子机理、优异基因资源育种利用三个方向研究。小麦族生物系统学研究处于世界领先水平、人工合成小麦创制与利用领域处于世界先进水平。

（1）小麦族生物系统学与资源创新利用：聚焦小麦族物种的系统进化关系，发掘和利用小麦族特异基因资源，进行新材料创制及牧草新品种选育。

（2）小麦细胞遗传与染色体工程育种：围绕小麦远缘杂交转移利用外源基因的难题，开展远缘杂交和异源多倍化遗传学、外源基因利用关键技术和染色体全基因组渗入育种的系统研究。

（3）小麦重要性状基因鉴定及育种利用：针对西南麦区生产的实际问题，结合区域发展战略需求，围绕小麦重要育种性状基因发掘、分子机理解析，发展分子育种技术，选育优异、专用新品种。

（1）小麦族生物系统学与资源创新利用

对小麦族植物进行生物系统学研究，阐明物种间亲缘关系、基因组组成、系统演化关系；对小麦族植物资源进行创新与利用研究，发掘优良基因，创制育种新材料，选育牧草新品种。

（2）小麦细胞遗传与染色体工程育种

围绕远缘杂交和异源多倍化过程进行研究，为外源资源开发利用提供新方法、新技术、新材料及实践范例。主要进行两方面工作：一是系统深入同源重组的全基因组渗入研究。二是研究单个染色体操作为基础的资源利用技术。

（3）小麦重要性状基因鉴定及育种利用

针对西南麦区特殊生态环境下小麦生产的主要问题，发掘调控小麦产量、抗病、抗逆等相关的重要基因，并深入解析分子机制。通过分子育种结合常规育种技术，培育出适应西南片区生态条件的高产、多抗、优质的小麦专用品种。

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，在20世纪80年代，研究所的颜济教授主持联合国粮农组织项目，与加拿大、日本、瑞典、丹麦等国科学家合作，通过资源收集，在四川农业大学建成了亚洲最大的专一属种标本室，相关成果获得国家自然科学二等奖。在此基础上，研究所重点围绕小麦基因资源发掘、种质创新利用开展研究。通过与国际同行交流互访、项目合作、人才培养：

1.1研究多访问学者、博士后

从郑有良教授1993年赴英国留学引进小麦分子技术以来，92％科研岗职工具有留学经历，其中16%在国外获得博士学位或完成博士后训练。

1.2短期交流与参加国际会议

2015年至今，累计有46余人次到美国、澳大利亚、德国、奥地利等国家参与国际会议，做大会特邀报告或大会报告7人次。

2018-2019年间组织师生参加了“国际小麦族大会”、“国际小麦品质科技研讨会”、“植物染色体工程和功能基因组育种国际会议”“国际小麦大会”等国际会议。

在外专“引智”项目、“111”计划、“双支计划”支持下，近5年邀请国际知名专家学者52人次“走进来”；同时申报中华人民共和国科技部和四川省科技厅相关国际合作项目。

2013年，研究所承办了第七届国际小麦族大会。

2019年，研究所承办第十四届国际谷物穗发芽会议。

2017年刘登才教授赴乌干达提供技术支撑，指导当地育种与病虫害防治工作。此外，刘登才教授还任《Plosone》杂志学术编辑，凡星教授、沙莉娜副教授任世界自然保护联盟（IUCN）物种生存委员会（SSC）中国植物专家组（CPSG）成员，承担相关联合科研项目。

2015年至今共招收留学生7名，其中博士2名，硕士5名。

先后与美国加州大学、澳大利亚联邦科工委、莫多克大学达成了战略合作协议2016年至今，共获批科技部国际合作专项项目1项，省级国际合作项目8项，在NatureCommunications、PlantBiotechJ、NewPhyto、PNAS等国际知名SCI杂志上联合发表120余篇，出版专著2部。

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，研究所拥有2个二级学科博士点学位授权点，有2个二级学科硕士学位授权点，1个专业硕士学位授权类别。

国家级重点学科：作物遗传育种

二级学科博士学位授权点：作物遗传育种、植物学

二级学科硕士学位授权点：作物遗传育种、植物学

专业硕士授权类别：农艺与种业

根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，2016-2020年，研究所累计招收博士生64名（其中留学生1名）、硕士生169名（其中留学生3名），毕业博士27名、硕士233名；35名博士研究生受国家留学基金委和外方单位资助，赴中国国外高校和研究机构进行联合培养；3篇博士论文获评校级优秀博士学位论文、1篇硕士论文获评校级优秀硕士学位论文。此外，研究所先后与美国加利福利亚大学、美国密西根大学、美国南达科塔州立大学、美国密苏里植物园、英国剑桥大学、加拿大农业及农业食品部、加拿大圣母马丽大学、澳大利亚联邦科工部、瑞典农业科技大学、丹麦皇家农牧大学、以色列海法大学、日本木原生物研究所、日本国立遗传研究所等单位建立人才培养合作关系，2010-2020年，累计有67名研究生、3名本科生通过国家留学基金委公派留学项目、课题组间合作项目等途径派出，赴美国、加拿大、澳大利亚、英国、德国等院校和研究所进行联合培养。