国家税务总局厦门市税务局，是由原厦门市国家税务局、原厦门市地方税务局合并而成的。
主要职责
（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。
（二）负责贯彻执行税收、
社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和
规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。
（三）负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。
（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局和市委、市政府提供决策参考。
（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。
（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。
（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。
（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。
（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。
（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。
（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。
（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。
（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。
（十四）完成
国家税务总局和市委、市政府交办的其他工作。
注：有关非税收入征管职责划转准备工作还在进行中。
内设机构
办公室（党委办公室）
主要职责：承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、税收宣传、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作。
政策法规处
主要职责：承担依法行政工作；起草相关税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作。
货物和劳务税处
主要职责：组织实施增值税、消费税、车辆购置税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；承担增值税发票管理。
企业所得税处
主要职责：组织实施企业所得税征收管理工作；对企业所得税具体业务问题进行解释和处理。
个人所得税处
主要职责：组织实施个人所得税征收管理工作；对个人所得税具体业务问题进行解释和处理。
财产和行为税处
主要职责：组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
资源和环境税处
主要职责：组织实施资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
社会保险费处
主要职责：组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费征收管理工作。
非税收入处
主要职责：组织实施文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。
收入规划核算处
主要职责：组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作。
纳税服务处
主要职责：组织实施纳税服务工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征管和科技发展处
主要职责：组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织实施信息化建设工作。
国际税收管理处
主要职责：组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担跨境税收管理工作；组织实施反避税工作；承担外事管理。
税收经济分析处
主要职责：组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作。
财务管理处（装备和采购处）
主要职责：组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。
督察内审处
主要职责：组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计；组织实施本系统税收执法责任制工作；参与实施“一案双查”工作。
人事处（党委组织部）
主要职责：组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；指导系统党的组织建设、党员队伍建设等工作。
考核考评处
主要职责：组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评、行风效能建设工作。
教育处
主要职责：承担教育培训工作。
党建工作处（党委宣传部、巡察工作办公室）
主要职责：统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导系统巡察工作。
机关党委
主要职责：承担机关和派出机构党群工作。
老干部处
主要职责：承担老干部工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。
事业单位
纳税服务和宣传中心
主要职责：承担12366纳税服务热线管理和平台运维工作；承担税收宣传工作。
信息中心
主要职责：承担信息化建设的技术支持保障、税收管理信息系统运行维护、信息安全等工作。
机关服务中心
主要职责：承担机关后勤事务管理、保障和服务工作。
税收科学研究所
主要职责：组织实施税收、社会保险费和有关非税收入科研工作。
派出机构
第一税务分局（大企业税收服务和管理局）
主要职责：组织实施大企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。
第二税务分局（出口退税服务和管理局）
主要职责：组织实施进出口税收管理工作，对进出口税收具体业务问题进行解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；承担出口退税工作。
第三税务分局
主要职责：组织实施管辖企业的各项税收、社会保险费征收管理；组织实施市直机关事业单位社会保险费和个人所得税征收管理。
第四税务分局（税收大数据和风险管理局）
主要职责：组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。
稽查局
主要职责：组织落实税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件；参与实施“一案双查”。
第一稽查局
主要职责：承担市税务局列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（思明区、集美区、海沧区、厦门象屿保税区）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
第二稽查局
主要职责：承担市税务局列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（湖里区、同安区、翔安区、厦门火炬高技术产业开发区）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
现任领导
主持全面工作，联系火炬高新区税务局。
分管办公室（党委办公室）、人事处（党委组织部）、考核考评处、党建工作处（党委宣传部、巡察工作办公室）、机关党委、老干部处，联系思明区税务局、厦门自贸片区税务局。
分管企业所得税处、收入规划核算处、征管和科技发展处、税收经济分析处、财务管理处（装备和采购处）、第四税务分局（税收大数据与风险管理局）、信息中心，联系湖里区税务局、同安区税务局。
分管党委纪检组。
分管个人所得税处、社会保险费处、纳税服务处、纳税服务和宣传中心、稽查局、第一稽查局、第二稽查局，联系翔安区税务局、海沧区税务局。
（更新于2024年11月）
所获荣誉
2019年12月3日，被中共福建省委全面依法治省委员会办公室、福建省司法厅评为“福建省‘七五’普法中期先进集体”。
2020年12月15日，被确定为“2019-2020年节约型公共机构示范单位”。
2021年11月，国家税务总局厦门市税务局办公室被全国普法办公室拟表彰为2016-2020年全国普法工作先进单位。
2022年5月，国家税务总局厦门市税务局直属机关团委被授予“福建省五四红旗团委”称号。