基因免疫系指将靶抗原编码基因置于真核表达调控元件的调控下，将该质粒DNA直接进行动物体内接种，并以与自然感染类似的方式呈递抗原，诱生特异性体液和细胞免疫应答的新理论和技术。

基因免疫（gene immunization）又称DNA免疫（DNA immunization）、核酸疫苗（polynucleotide vaccine）、DNA疫苗、体细胞转基因免疫（somatic transgene immunization）。由于基因免疫将质粒DNA直接免疫，又称为裸DNA免疫（naked DNA immunization）。与蛋白疫苗相比，基因免疫具有更有效地诱生免疫应答、安全、易制备、价廉的优势，以及在一些特殊的领域里有良好的应用潜能。基因免疫不仅已广泛地应用于抗病毒、细菌、真菌、寄生虫等抗感染免疫中，同时也发现在肿瘤免疫及自身免疫性疾病中起重要作用，已成为现代免疫学研究的重点和热点。基因免疫本身也从早期的将靶抗原编码基因置于常规的病毒启动子、增强子等调控元件的调控下，经肌肉接种免疫的常规基因免疫，发展到具有特异性靶向性、高表达水平、表达可调节性和选择性诱导某一特定类型免疫应答的新一代基因免疫。

基因免疫是20世纪90年代初期建立和发展起来的一门新的免疫学理论和技术。实验发现质粒DNA可在体内肌细胞中以环状、非整合、非复制状态存在达1个月之久，而转基因产物的活性在体内可检测到达2个月之久。这一发现打破了人们以往认为的外源DNA为体内细胞摄取需要其它成分辅助的观点，表面裸DNA可直接为体内细胞摄取并表达转基因产物，从而为以裸DNA或RNA为基础的免疫奠定了基础。1992年，Tang等首次证实编码抗原基因的质粒DNA注入小鼠体内不仅可表达相应的转基因产物，同时还可诱生基因产物特异的抗体应答。将CMV启动子表达的人生长激素（hGH）基因以基因枪注射的方式注入小鼠耳皮内，3~6周在小鼠体内可测到高水平的抗hGH特异性抗体应答。这一研究开创基因免疫的先驱工作。由于基因免疫免去了繁琐的蛋白纯化步骤和免疫佐剂的辅助，更重要的是，基因在体内的表达及诱生免疫的过程，模拟了自然状态下机体感染外源病原生物后，其在体内表达抗原及诱生免疫的过程。

一种理想的疫苗应具备安全、价廉、性质稳定，最好单次注射即能诱生抗多种病原体的保护性免疫等特点。迄今，还未有一种已应用于人体的疫苗能同时具备上述优点。当前的疫苗可分成两大类，即复制型疫苗和非复制型病毒疫苗。复制型疫苗主要包括减毒疫苗和可表达靶抗原的复制型重组疫苗；而非复制型疫苗则包括灭活疫苗、纯化抗原蛋白亚单位疫苗、基因重组表达（真核或原核）的蛋白疫苗、合成肽类疫苗和抗独特型抗体疫苗等。