基序，亦称模序、模体。是指DNA、蛋白质等生物大分子中的保守序列，介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。所谓结构域指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域，亦称辖区。多肽链首先是在某些区域相邻的氨基酸残基形成有规则的二级结构，然后，又由相邻的二级结构片段集装在一起形成超二级结构，在此基础上多肽链折叠成近似于球状的三级结构。对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个或多个在空间上可明显区分的、相对独立的区域性结构缔合而成三级结构，这种相对独立的区域性结构就称为结构域。对于较小的蛋白质分子或亚基，结构域和它的三级结构往往是一个含义，也就是这些蛋白质或亚基是单结构域。结构域自身是紧密装配的，但结构域与结构域之间关系松懈。

词语释义

英文motif的缩写，也翻译为“模序”，“模体”，DNA，蛋白质等生物大分子中的保守序列，在反式作用因子的结构中，基序一般指构成任何一种特征序列的基本结构（既指具此功能的基本结构，也指编码此结构的蛋白质/DNA序列），作为结构域中的亚单元，其功能是体现结构域的多种生物学作用。

反式作用因子的DNA结合结构域（DNA binding domain）中的几种常见基序：

①螺旋/转角/螺旋（Helix-turn-helix，HTH）基序

两段螺旋被一短的转角结构分开，其中一段螺旋为DNA识别螺旋．

同源异形结构域（Homeodomain，由同源异形盒编码）中含有HTH基序。具有Homeodomain的转录调控蛋白在胚胎发育和正常细胞分化的基因表达调节中有重要作用。

②锌指（Zinc finger）基序

由肽链的保守序列中的一对组氨酸加一对半胱氨酸（His2/Cys2）或2对半胱氨酸（cys2/cys2）与一个锌离子形成配位键，这些氨基酸对之间的多肽链成环状突出并折叠成指形结构，多个指结构常串联重复。

锌指族转录因子以二聚体形式同DNA上的顺式调控元件结合。

含锌指基序的转录因子：与GC盒结合的SPl、类固醇激素受体家族，抑癌蛋白WT1等。

③亮氨酸拉链（Leucine-Zipper）基序

由一段每隔6个aa就有一个Leu的伸展肽链组成，这些周期性出现的Leu都位于α—螺旋的同—侧面，因此两条均含Leu拉链基序的蛋白质通过亮氨酸侧链的相互作用形成二聚体。

具有亮氨酸拉链基序的转录因子：原癌基因C-Jun/C-fos（APl家族）

④螺旋-环-螺旋（Helix-loop-Helix，HLHt）基序．

由2个α螺旋间隔一个非螺旋的环（loop）组成．

如原癌基因产物C-myc及其结合蛋白Max．