复旦大学公共卫生学院始建于1928年，为颜福庆教授在医学院创建的公共卫生科，1952年更名为公共卫生学院。现任院长为何纳教授，党委书记为罗力教授。

复旦大学公共卫生学院的历史可追溯至1927年，中国著名医学教育家、公共卫生学家颜福庆于1927年创办医学院时，就非常重视公共卫生的教学，次年7月在医学院内组建了公共卫生科，并亲任科主任兼公共卫生教授，逐步开展疾病预防、环境卫生和妇幼保健等工作。

1928年，由胡宣明负责建立了“吴淞（今宝山区）卫生公所”作为公共卫生教学实验区。

1929年9月与上海市卫生局合作，改建为“吴淞卫生模范区”，同时建立了“高桥（今浦东新区）卫生事务所”。

1981年，根据中美两国卫生部医药卫生科技合作议定书“中美卫生服务研究合作项目”中的条款，学院与美国霍普金斯大学公共卫生学院进行科技合作，对中国上海县和美国华盛顿县的卫生服务做了对比研究。1981年7月在上海召开工作研讨会，美国助理卫生部长布来恩特（J．Bryant）博士等6位专家到会，根据对第一手资料的科学分析，美方对中国卫生工作的方针政策、三级医疗保健网、合作医疗制度和上海县的卫生服务，给予了较高的评价。

20世纪80年代起，学院与美国哈佛大学公共卫生学院、霍普金斯大学、瑞典乌米尔大学等国际知名大学建立了校际学术交流联系。

近年间，公共卫生学院围绕保障人群健康，控制重大疾病的目标和需求，在长期的科研与教学活动中，形成了“重大疾病的流行规律与控制”、“环境医学与卫生毒理学”、“人口健康与健康行为学”、“社区医学与卫生服务”、“卫生政策与管理”5个主要研究方向。

进入21世纪，学院的发展迈人新的阶段。其中，流行病学与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学两个学科进入复旦大学“985工程”一期重点学科建设，在“十五”、“211工程”建设中，筹建了“教育部公共卫生安全重点实验室”，2003年11月被批准为教育部立项建设的重点实验室。2004年卫生部批准成立“卫生部卫生技术评估重点实验室”。2004年教育部高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所对全国各学位授予单位的一级学科的整体水平进行排名，复旦大学名列全国公共卫生与预防医学一级学科的榜首，公共管理（含社会医学与卫生事业管理）列全国一级学科排名第二，公共卫生学院学科的综合实力和特色优势获得进一步发展。

2015年，学院公共卫生与预防医学学科被列入上海市I类高峰学科建设项目。

2017年，学院公共卫生与预防医学学科被列入复旦大学“双一流”学科建设项目。

2019年，学院公共卫生与预防医学学科被列入复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设项目。

2024年11月23日，复旦大学公共卫生学院成立AI卫生技术评估研究基金。

公共卫生学院为中国的疾病防治、预防保健及卫生政策的决策工作中发挥了重要作用，培养和造就了一大批国内外知名的专家教授。近年来，学科的综合实力和特色优势进一步发展，以国家重大公共卫生问题作为研究重点，发挥了积极和重要的作用。科研实力不断提升，国际合作不断发展。中青年教师成长迅速，形成了以中青年学者为主体的教学与研究群体。学院始终以为国家培养高质量的预防医学和卫生管理高层次人才为己任。学院以保障人群健康，控制重大疾病和贡献科学决策为目标，在长期的科研与教学活动中，形成了“重大疾病的流行规律与控制”、“环境医学与卫生毒理”、“人口健康与健康行为”、“社区医学与卫生服务”、“卫生政策与管理”5个主要研究方向。一批国内重点项目频频获奖，并直接应用于国家卫生决策。研究成果更趋国际化传播，部分国际合作研究成果为世界卫生组织所推广。

学院拥有两个国家重点学科：社会医学与卫生事业管理、流行病与卫生统计学。两个部属国家重点实验室：公共卫生安全教育部重点实验室、卫生部卫生技术评估重点实验室。一个上海市重点学科：流行病与卫生统计学。还有上海市公共卫生重点学科：环境卫生学科、健康促进与健康教育学科、劳动卫生学科、流行病学科、卫生毒理学科。流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学两个学科为复旦大学“985工程”一期重点学科。

学院有复旦大学预防医学研究所、复旦大学医院管理研究所、复旦大学药物经济学研究与评估中心、世界卫生组织职业卫生培训和研究合作中心、世界卫生组织卫生技术评估和管理合作中心。学院为欧洲国际健康研究生教育网络（tropEd）合作成员单位，确定为教育部公共卫生硕士专业学位改革试点单位。

学院现有专任教师97人，其中教授30人，副教授19人，副教授及以上职称的教师比例高于50%。教师中有博士生导师28人，硕士生导师19人。教师中具有博士学位的74人，占教师总人数的76%。有40岁以下青年教师48人，占教师总人数的49%，青年教师中具有硕士及以上学历的比例达到100%。

此外，学院与上海市长宁区、徐汇区、黄浦区、静安区、卢湾区和闵行区6个区的疾病预防与控制中心（CDC）和卫生监督所，以及普陀区CDC等本科生实习基地建立了长期、稳定的合作关系，公共事业管理专业学生有5个专业实习基地，分别是上海市卫生局、徐汇区卫生局、复旦大学附属中山医院、华山医院和华东医院。以上实习基地的带教教师都具有副高以上职称。

2005～2010年学院获得的科研经费为1.69亿元。2005-2010年承担纵向课题1020项。2005-2010年国家自然科学基金面上项目35项；青年项目16项；十一五支撑项目3项；主持“863”项目2项；973项目2项，上海市曙光计划4项；国际合作课题150项。2005～2010年在核心期刊上发表论文1930篇，其中SCI及SSCI收录论文233篇。

学院与美国哈佛大学公共卫生学院、约翰霍普金斯大学、伊利诺斯大学、加州大学、杜兰大学、夏威夷大学，瑞典乌米尔大学，英国利物浦热带医学院，荷兰公共卫生和环境研究所，澳大利亚的悉尼大学和阿德莱德大学等国际知名大学和研究机构建立了院际学术交流联系。学院每年都主办或承办国内外大型学术会议。每年都有大批教师出国进行学术交流、参加国际学术会议。

预防医学专业主要培养从事预防保健、健康教育、卫生监督以及预防医学教学、科研工作的高级专业人才。该专业学生第一学年在复旦学院学习公共基础课程，第二学年后进入复旦枫林校区学习。

主要医学基础课程：解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、免疫学、病理生理学等

主要临床医学课程：诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、传染病等

主要专业课程： 流行病学、卫生统计学、职业卫生与职业医学、环境卫生学、营养卫生学、卫生微生物学、儿少卫生学等

公共管理专业（卫生事业管理方向）主要培养既掌握现代管理学基本理论及基本管理手段，具有公共事业领域的专业知识，又具有基本管理技能的公共卫生事业的复合型管理人才。要求学生了解卫生事业发展基本趋势和医学科学的基本规律，掌握比较全面的医学社会学知识和有关的政策法规。

该专业学生前两个学年在复旦邯郸校区学习公共基础课程和经济管理基础课程，第三、四学年进入复旦枫林校区学习专业基础和专业课程。

主要课程：管理科学导论、财务管理、概率论与数理统计、高等数学B，线性代数，微观经济学，宏观经济学，会计学、卫生管理心理学、卫生经济学、流行病学、卫生统计学、医院管理学、卫生事业管理学、运筹学、医疗保险、卫生政策研究理论、卫生服务研究等。

学院近年来毕业生当年就业率一直高于95%，有的年份就业率达100%。2008－2010年毕业学生240人，平均当年就业率为98%。

学院校友中不乏公共卫生领域的知名专家、教授，公共卫生部门的主要领导人，以及公共卫生教育事业的继承者。