复旦大学基础医学院前身为上海第一医学院基础医学部，建于1955年4月。1992年12月基础医学部更名为基础医学院。2000年4月，上海医科大学和复旦大学合并，组建为新的复旦大学。2001年7月27日，撤销复旦大学基础医学院、临床医学院建制，组建复旦大学医学院，2002年更名为复旦大学上海医学院。2012年9月4日，恢复复旦大学基础医学院建制。学院入选国家理科基础教育和教学人才培养基地、上海高校一流学科（A类）建设计划、首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。

基础医学院的前身称基础医学部，于1927年学校创办时，基础医学部尚未成立，是由原上海医科大学教务长领导下的若干个教研室组成。早期成立的有解剖和组织胚胎学教研室（张鋆、王有琪教授）、病理解剖教研室（谷镜汧教授）、生理学教研室（蔡翘）、微生物检验科（林国镐教授）等人。以后又陆续来校的有生理学教研室的徐丰彦、药理学教研室的朱恒壁和张昌绍、微生物学教研室的林飞卿、解剖教研室的齐登科和郑思竞、法医学教研室的陈康颐、生物学教研室的王志清和许由恩、生物化学教研室的李亮等人。于解放初先后成立的教研室还有外语教研室（程玖）、体育教研室（闻宗元，1952年）、化学教研室（施嘉钟，1953年）、物理学教研室（庄鸣山）、病理生理学教研室（朱益栋，1955年）、数学教研室（朱国恩，1959年）。之后以及近年成立的有生物物理学教研室（梁子钧，1964年）、生物医学工程教研室（蒋有铭，1979年）免疫学教研室（林飞卿、何球藻，1987年）、神经生物学教研室（曹小定）以及分子遗传研究室（宋后燕）和分子病毒实验室（闻玉梅）等。

基础医学院共有23个单位组成，其中医学神经生物学国家重点实验室、分子病毒和糖复合物卫生部重点实验室以及分子遗传、基因研究中心、高血压和肾病研究中心以及电镜、同位素、形态中心等组成基础医学研究所，其他单位称之为教研室，包括数学、医工物理学、化学、外语、解剖、组织胚胎学、生理学、生物化学、细胞生物和医学遗传学、免疫学、微生物学、寄生虫学、病理学、病理生理学、医学神经生物学（中西结合基础）、药理学、法医学等。尚有3个由学院管理的教学实验室，即分子生物学、功能学科和多媒体教学实验室。

基础医学院现有教职工439人，其中有工程院院士1名（闻玉梅教授）、教授45名、副教授58名、讲师73名、博士生导师30名、硕士生导师29名。该院承担临床医学、预防医学、护理、卫生管理、法医和成人教育的基础医学教学工作，并负责管理基础医学、法医学两个专业的学生。该院有国家重点学科5个，包括人体解剖学、生理学、生物化学、神经生物学、病理学，其中生物化学和病理学也是上海市教委的重点学科。该院共有博士点11个，硕士点17个。每年招收博士生25名，硕士生50名左右。该院的科研工作主要集中在基础医学研究所的各单位，如医用神经生物学、分子病毒学、分子遗传学、基因研究中心、高血压和肾研究中心，以及学院的生物化学、免疫学、和病理学等教研室，他们承担“863”高技术发展计划、“973”基础研究重大项目、国家自然科学基金重点项目以及其他来自企业的合作项目等，每年科研经费超过2000万元。历年来共取得国家、部委和上海市获奖科研成果100多项。该学院的教育和教学改革工作，近年来也有较大发展，具有国内领先水平的两级管理实验室先后建立、功能学科实验改革方案，以“器官”为中心的整和式课程教学、多媒体教学软件的制作等在国内也有较大反响，并取得了较大的成效。

基础医学院以二级学科为基本单位，下设12个系（中西医结合系、法医学系、神经生物学系、药理学系、病理学系、病原生物学系、免疫学系、生理与病理生理学系、生物化学与分子生物学系、人体解剖与组织胚胎学系、细胞与遗传医学系、医学系统生物学系）；8个研究中心、研究室（药理研究中心、基因研究中心、数字医学中心、医学实验教学中心、临床技能学习中心、电镜室、P3实验室、医学教育研究室）；1个国家重点实验室（医学神经生物学国家重点实验室）；2个教育部重点实验室（分子医学教育部重点实验室、医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室）；2个卫生部重点实验室（糖复合物卫生部重点实验室、医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室）及1个上海市重点实验室（上海市医学图像处理与计算机辅助手术重点实验室）。学院现有国家一级重点学科3门（基础医学、中西医结合学、生物学），国家二级重点学科7门（人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学、中西医结合学、神经生物学、生理与病理生理学、生物化学与分子生物学）。2000年学院荣获优秀“国家理科基础教育和教学人才培养基地”称号，2007年基础医学学科成为首批国家一级学科重点学科，并在2008年教育部一级学科评估中并列全国第一，2012年入选上海高校一流学科（A类）建设计划。

基础医学院历来以师资实力雄厚、基础扎实而著称，是我国最早开展基础医学本科教学、研究生教育的单位，也是国内首批一级学科博士学位授予点和博士后流动站。原上海医科大学基础医学院有一级教授3名，二级教授8名，三级教授4名，拥有一批我国基础医学学科的创始人和开拓者，并为全国各省市培养了一大批基础医学各学科优秀师资和学术带头人，在中国医学教育和研究发展史上具有举足轻重的地位。学院现设有本科生专业2个，博士后流动站3个，一级学科博士点6个，二级学科博士点16个，硕士点16个。在读本科生1076人（其中留学生85人），硕士研究生225人，博士研究生331人。现有教职员工324人，正高级教师66人，副高级教师73人、博士生导师78人，硕士生导师75名。中国工程院院士1名，国家杰出青年科学基金获得者8名。

基础医学院始终遵循创建之初学风严谨的优良传统，注重对学生的基础训练，加强对科研工作的指导。经过半个多世纪的创业、创新，依托复旦大学的综合优势，在学科建设、人才培养、科学研究等方面取得优异成绩。学院教师主编大型参考书、全国医学教材20余部，其中“十一五”国家级规划教材9本，“十二五”国家级规划教材7本。大型参考书《现代医学微生物学》《现代免疫学》《组织学》等多次荣获国家图书奖。现有国家级精品课程4门（医学遗传学、局部解剖学、法医学 、医学导论），上海市精品课程14门，国家级教学团队1个（细胞与分子医学教学团队）。国家级教学成果奖2项，上海市教学成果奖（一等奖）2项，国家自然科学基金人才培养基金3项，省部级医学教育课题21项。在科学研究方面，围绕国家需求，瞄准学科前沿，凝练研究方向。近五年来获得各类国家级重大项目等纵向课题401项，到位科研经费数2.61亿元，横向经费1.67亿元，并取得系列研究成果。2007-2012年，获“973”项目19项，其中项目负责2项，课题负责9项；863项目5项，课题负责1项；参与重大专项28项，其中牵头7项；获得国家级、省部级研究成果17项，其中，国家科学技术奖自然科学二等奖1项，教育部自然科学一等奖2项，高等学校科学研究优秀成果奖一等奖1项，上海市科学技术一等奖1项，高等学校科学研究优秀成果奖二等奖5项，上海市科学技术二等奖2项，上海市科学技术三等奖3项，中华医学科技三等奖2项。国家自然科学基金委创新群体1个，教育部创新团队1个。其中1项研究成果被评为2011年中国十大科技进展新闻。

复旦大学基础医学院将继续秉承学科建设为基，人才梯队建设为本，坚持“领袖气质、国际视野、人文情怀、科研素养”的人才培养目标，进一步夯实基础、砥砺奋进，引领和推进我国基础医学教育的新发展。

2019年9月，获得“全国教育系统先进集体”称号。