脑科学研究院是复旦大学全校性的神经科学研究实体机构、教育部“985工程 ”二期重点建设的科技创新平台之一。研究院于2006年4月成立，首任院长为杨雄里院士，现任院长为马兰院士，学术委员会主任为杨雄里院士。

复旦大学脑科学研究院的总体定位是：以国家中长期科学技术发展规划为指针，根据国家发展重大需求和脑科学发展前沿，围绕脑功能和脑重要疾病，凝炼研究方向，开展基础以及与医学结合的应用基础研究；充分发挥校内神经科学人才的作用，整合复旦大学脑科学研究力量，大力加强人才引进，充分发挥学校综合学科的优势，优化学科布局，强调与医学的紧密结合，并重视与其它学科的交叉。主要研究方向是：神经活动基本过程、脑的高级认知功能、神经系统重要疾病机制和防治。

脑科学研究院现有24个研究组，研究人员中包括中国科学院院士1人，复旦大学特聘教授9人，国家杰出青年科学基金获得者4人，国家新世纪百千万人才工程入选者1人，教育部“跨世纪/新世纪人才”基金获得者5人，上海市“浦江人才”基金获得者9人，上海市曙光学者2人，研究院拥有有国家自然科学基金委员会创新研究群体、教育部创新团队、上海市“浦江人才”团队各1个。

脑科学研究院2006年成立以来，研究人员主持了一系列重大科研项目，包括科技部“973计划”项目2项、“973计划”课题9项、“863计划”项目1项，国家自然科学基金委重大重点项目3项、国家自然科学基金委重大国际合作项目2项，省部级重大重点项目7项。研究院研究人员在基础和临床神经科学研究中取得了一批原创性重大科研成果，有16篇以我院研究人员为通讯作者、署名脑科学研究院的文章在Nature、Science、Cell、Brain、Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America、Progress in Neurobiology等有较高影响力的SCI杂志上发表。研究成果获得国家自然科学二等奖1项、省部级一等奖6项。

脑科学研究院密切结合神经科学研究的实际需要，建设了实验必须的基础设施以及一批高端大型核心仪器，并引进了专业技术人员进行管理并向院内外科研单位提供共享开放服务。经过985二期的建设，逐步建成了“神经分子行为、神经细胞功能实时检测和成像”、“动物行为学实验”、“斑马鱼模式动物”等公共技术平台，并已先后开放共享服务，取得了较好的效果，起到了对科学研究和人才培养的支撑作用。公共技术平台在2009年的神经科学讲习班（IBRO School）中承担了学员的分子细胞影像及动物行为实验课程培训任务，取得了良好效果。

脑科学研究院依托生命科学学院和上海医学院，在神经生物学、生物物理学、药理学、中西医结合基础、神经病学、眼科学、外科学等专业招收研究生。2006年迄今已培养博士119名、硕士53名、博士后13名，其中1人获全国优秀博士学位论文、2人获全国优秀博士学位论文提名奖、3人获上海市优秀博士学位论文、1人获全国优秀博士后。