复杂系统管理与控制国家重点实验室依托于
中国科学院自动化研究所，1991年成立，1994年经中国科学院批准正式对国内外开放，2011年获国家科技部正式批准立项建设为国家重点实验室。
依据国家科学技术部《关于组织制定国家重点实验室建设计划的通知》(国科基函(2011)20号)，复杂系统管理与控制国家重点实验室的建设申请于2011年3月29日获得批准。
复杂系统管理与控制国家重点实验室学术委员会主任是
吴宏鑫院士，学术委员会副主任是
黄琳院士和
王飞跃研究员，实验室主任是王飞跃研究员，实验室副主任是
刘德荣研究员、
侯增广研究员和
曾大军研究员。实验室现有固定人员92人，75人具有博士学位，年龄45岁以下的超过70%，其中包括中国科学院院士1人，国家“973”项目首席科学家2人，中国科学院“百人计划”入选者5人、国家自然科学基金杰出青年基金获得者6人，IEEE Fellow 3人，IFAC Fellow 2人，IEEE Transactions 主编2人。实验室拥有17位博士生导师、21位硕士生导师。现有研究生194人、流动人员200余人。2012年在学人数171人，其中博士后10人，
博士研究生87人，硕士研究生74人。实验室主要研究人员承担的项目包括国家“973”项目、国家“863”项目、国家自然基金项目等国家级研究项目，以及大量的来源于生产实际的应用项目。
复杂系统管理与控制国家重点实验室以复杂系统和智能科学的理论与应用为主要研究方向，利用网络化环境，充分发挥多学科交叉优势，立足自动化和系统工程技术，以智能科学的理论和方法解决工程、社会、经济和国防中的复杂系统分析、优化、控制和建模等问题。复杂系统管理与控制国家重点实验室的发展目标是成为一个国际一流的科学研究、技术创新和人才培养的基地。