《幻想三国志4》故事背景设定在第一代的十年之后，因此前代登场的角色亦可能于《幻想三国志4》游戏中出现，本次游戏引擎承袭了三代的优点，并且更加进了SHADER特效处理，因此在3D人物的贴图效果、卡通勾边处理、甚至场景的打光层次都更加的进化，视觉效果更上一层楼。
在画面的解析度上，也从原本的800x600，全面支援到高解析度的1024x768，以及宽萤幕显示，甚至也支援视窗模式，顺应高画质时代的潮流，让拥有宽萤幕的玩家有更多元的选择。
公元208年
赤壁之战后，
蚩尤现世、群魔乱舞。而后蚩尤伏诛，神州各地自此宛如
惊弓之鸟，各尊神佛、各拥仙灵，大规模的猎魔行动从此展开。魔族馀孽被逼四处逃窜，或隐匿行藏，或群起反抗，原本便已纷乱垂危的汉室天下，因此步入更黑暗的时期。
公元215年，正值刘备入蜀、自领益州牧，孙权回秣陵、得荆州三郡，曹操平定汉中、称魏王，就在三方势力明争暗斗、互有增长的同时，一个名不见经传的少年却在紊乱的世局中掀起滔天巨浪……
上古时期，自
盘古将天地分离，清气上升、浊气下降，有能登天者成为仙、神，而更多无法上天之鬼兽精怪，则被迫留在地面，或更甚向下沉落。地水火风、山林川泽原就各有所属、各有神性，然而，神性交互作用之下，天界也因此动汤不安，灾乱不断。
为维持天界秩序，使争斗止息，众神联合向天帝请书，请求将拥有凶、杀、战、乱诸性的精兽鬼神驱逐出天境。不甘被迫堕入下界的平逢之山大神骄虫、清冷之渊大神
耕父、及瑶水之滨的大神紫狩，因不满众神剥夺生存权利，遂率众精怪鬼兽向天讨回公道。
数千年后，掌管梅树、负责迎冬的霰雪女仙
露朝雪，被天界选中执行一项维持天地平衡的崇高任务，然而任务之后，女仙却幻化为丑恶魔物，屠杀天人，最后受到天罚，坠入魔道死去。