公元1253年，蒙古军队发兵击灭大理段氏政权，蒙古统治者给段兴智赐号“摩诃罗嵯”，封为中庆路八府总管，令其继续掌管原大理境内事务。至元七年（公元1270年），元廷设立大理路军民总管府，简称大理总管，治大理府（羊苴咩城），下辖大理上万户府、大理下万户府。

原大理国主段氏及其族属于国破之余，仍世代袭职为大理总管，“自各万户以下皆受其节制”，与有元一代相终。共有12任总管。

“大理总管”的设置有其特殊性，当蒙古势力进入云南之初，曾遭遇到当地民族的强烈反抗，所以，大理总管的设置对稳定云南局势起过重要作用。蒙古统治者正是利用段氏原有的威信，抚恤归附的民众，招降未服的民族，来最终实现对云南的统治。

长期以来，蒙古人对大理段氏一直存有猜忌防范之心。

大理国灭亡后的最初一段时间，蒙古人即“授兀良合台银印，加大元帅，还镇大理。以刘时中为宣抚使，与兴智同安辑焉。” 负责监视段氏。

至元四年（1267年），忽必烈封皇子第五子忽哥赤为“云南王”，镇大理，统辖大理、鄯阐、茶罕章(今丽江地区)、赤秃哥儿(今贵州西部)、金齿(今保山、德宏、版纳、临沧等)等地方；于王府之外，并置“大理等处行六部”，在云南王监督下统摄五城之地，管理云南行政事务；设“大理等处宣慰司都元帅府”，管理云南军事。其中，军事机构的治所因形势需要而定，像“大理金齿宣慰司都元帅府”的治所就不在大理城，而是设在永昌府城。有心削弱和钳制大理总管的军事权利。

至元十一年（1274年），设云南等处行中书省，将段氏大理总管势力限制在大理地区范围之内，罢去节制整个云南地区万户以下诸土官之权。为了统一行政权力，令云南的宣慰司兼行元帅府事一职，并听行省节制。罢去万户、千户兼摄地方行政的军事统治制度，遍置郡县于八府四郡三十七部等地，并把云南行政中心从大理迁到中庆(今昆明)。段氏仅对以洱海区域为中心的广大滇西段氏旧地有控制力。建立云南行省后，即使是行省长官左承、右承和平章政事等都由朝廷委派，但是云南王的权限却始终在云南行省长官之上，起监督的作用。忽必烈又封皇孙甘麻剌为“梁王”(元朝诸王中等级最高的王)，地位在云南王之上。这样，大理总管与云南王、梁王的关系时分时合，处于错综复杂的矛盾之中。

大理是段氏长期统治云南的旧基地，段氏以大理城为中心，保有一定程度的政治和经济上的独立。 到元朝中后期，云南西部的实际统治权已被段氏完全控制。 梁王，与段氏的冲突逐渐表面化。至正二十三年(1363年)，明玉珍建夏政权于四川，遣兵三道攻云南，梁王一度退出中庆。段功领兵从大理东驰，将明玉珍军逐出云南。至正二十六年(1366年)，梁王忌段功势大，杀之于通济桥。段氏与梁王为此连年构兵，“民坠涂炭”。

本来，元朝廷的政令下达应当是由行省而路，由路而县，从上至下以达到政令畅通，但是元朝“大理总管”的设置，实际上促使段氏成为一种可以与云南王或梁王等相抗衡的一种政治势力。虽然同属一个中央王朝下的臣子，一个“总管”坐镇大理，一个“梁王”坐镇中庆，段氏和梁王双方的矛盾和征战时有发生，无论哪一方都不能完全战胜对方。这样的局面一直延续到明军入滇。

洪武十五年(1382年)，明军歼灭梁王军队主力，梁王自杀，蒙古留在云南的残余势力被消灭。三月，明将傅友德进军大理。在明军的腹背夹攻下，段家兵马大惊溃散。

明军攻克大理，云南悉平，朝廷下旨置云南布政司，在段氏旧地建大理府、太和县，设流官，“段氏世土，至此而绝”。