2005年2月，经国务院学位办批准，大连海事大学成为
工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）和法律硕士（J.M）三个专业学位硕士研究生培养单位。
进入2006年，为进一步整合学校教育资源，强化对专业学位教育的管理，促进教育培养工作的开展，打造国内一流的MBA、MPA和J.M品牌，学校研究决定成立专业硕士学位教育中心， 后更名为专业学位教育学院。
2011年，法律硕士教育中心由专业学位教育学院调整至法学院；同年3月，
交通运输部管理干部学院和
大连海事大学合作共建北京研究院，挂靠专业学位教育学院。
专业学位教育学院是大连海事大学的二级教学单位，全面负责交通运输行业高层 1A301次人才的专业学位研究生教育和培养工作，是我校培养交通运输领域高级管理人才的重要基地与窗口。学院设招生与市场开拓部、培养与学位管理部及办公室三个部门，全面负责大连海事大学MBA、MPA教育的招生、培养、学生管理工作。学院独特的办学模式受到
全国MPA教育指导委员会高度评价：“大连海事大学成立的专业学位教育学院，办学体制独特，发挥了科学管理的优势，有效地整合了学校优势学科与师资资源”。