元文宗天历二年（1329）三月“建奎章阁于
大内”，陈列珍玩，储藏书籍，是元大都皇宫内的重要宫殿。后在阁内设奎章阁
学士院，汇集著名
学者文士，成为学术艺术的殿堂。阁内收藏古器物及图书甚多，《右咏宣文阁》一诗曰：“延阁图书取次陈，讲帷日月集儒臣。”又曰：“亭亭翠柏倚朱栏，
云母窗扉逼暑寒。”文宗至顺元年（1330年）正月升群玉内署为群玉内司，
奎章阁学士院的规模达到顶峰。
萨都剌诗赞曰：“日日退朝书满床”。
元顺帝继位后，权相
伯颜在
至元年间以奎章阁学士院大学士兼领学士院事。期间，伯颜恢复了
经筵制度，为元顺帝提供儒学教育。但由于伯颜敌视汉人、南人的政策，期间奎章阁学士院形同虚设。萨都剌诗叹曰：“奎章三月文书静，花落春深锁阁门。玉座不移天步远，石碑空有御书存。”
至元六年（1340年）伯颜罢相，顺帝亲政。
康里巎巎任翰林承旨学士，
达识帖睦迩任奎章阁大学士，
揭傒斯任侍书学士。顺帝此时想要清算文宗遗产，打算废除文宗所设奎章阁学士院、艺文监等机构。在巎巎的建议下，奎章阁被改名为宣文阁，阁内布置与奎章阁同，由巎巎总管。至正元年（1341年），大内的宣文阁落成并投入使用，宣文阁迁入新址，宫内文化活动亦迁入其中。
兴圣宫内的宣文阁原址（即原奎章阁）则被改名为端本堂，负责皇子教育。顺帝皇太子
爱猷识理达腊曾在堂内读书。
奎章阁、旧宣文阁、端本堂为同一建筑，位于
兴圣宫（今北京
北海、
中海以西一带）西廊。新宣文阁位于大内西北角，玉德殿东、延春阁西（今故宫西北角）。