少年时期，秉性颖异，精通四书，尤工书画。1095年（
绍圣二年），
孔若蒙修葺家庙，年仅18岁的孔端友为家庙
摹勒晋
顾恺之的“夫子小影”于石，至今仍保存在
曲阜孔庙第九进的“
圣迹殿”中。1104年（
崇宁三年），被授为
朝奉郎、
直秘阁、袭封奉圣公，勾管祀事。宋徽宗大观年间（公元1107-1110年）复改封孔端友为衍圣公。孔端友被封为衍圣公后，进德修业，勤于
孔庙的祭祀和圣府的内部事务。由于精于职守，1115年（政和五年），授孔端友“至圣
文宣王庙祀朱印”一枚。1121年（
宣和三年），
宋徽宗复转孔端友
通直郎，除直秘阁，赐绯
章服，并许就任关升。诰曰：“尔先圣之系，效官东鲁，积年有余，通籍金闺，升芸华阁，以示
崇奖，汝尚勉哉！”
1127年（靖康二年），金灭北宋，
康王赵构建立南宋，改元建炎。1128年（建炎二年）十一月，
南宋高宗赵构在扬州行宫举行继统后首次祀天大典，
衍圣公孔端友与从父
孔传奉诏
陪位。孔端友返曲阜不久，金兵大举南下，因济南知州长
刘豫叛宋，形势急转直下。金兵破北京，占兖州，锐不可当。孔端友在从父孔传的支持下，除留胞弟孔端操留守阙里林庙外，遂恭负传家宝“
孔子及亓官夫人
楷木像”、“唐吴道子绘孔子佩剑图”和“至圣
文宣王庙祀朱印”等，率近支族人端木、瓒等南下扬州扈跸。1129年（建炎三年）春，金兵前锋直逼扬州，高宗君臣仓皇渡江东奔杭州。孔端友率族人从跸渡江，到达杭州。
宋高宗感于孔端友奉诏南渡之功，赐家
衢州。清乾隆年间，笔记小说家冯世科在其作品中记述“鲁阜山神护圣像”的传说：“
衍圣公孔端友负楷木像扈跸来南，夜泊镇江。奉像舟覆浪中，有三神人逆流而上，得之江滨。公焚香祷谢，烟篆‘鲁阜山神’四字。”
孔端友寓
衢州后，曾在衢州城四隅建了四座“鲁阜山神庙”，以祷神功。1130年（建炎四年），孔端友及从父
孔传、堂弟端木等，分别被委以重任。孔端友任湖南郴州知州，1131年（绍兴元年），改任“提举洪州玉隆馆”，1132年（绍兴二年）夏逝世，享年55岁。