宁启铁路复线电气化工程项目启于2009年，2010年正式开工，全长268.3公里。铁路全线位于长江中下游平原，并非途经山地丘陵高原等难以修建铁路的地区，但是仅不足300公里的复线电气化工程于2009年底开工后，2015年底才匆忙完工，2016上半年完工后半年仍未开通动车组列车，被网友称为“万年宁启”，同时戏称为“全球最复杂的电气化铁路改造项目”。

改造工程主要是增建二线，并对现有铁路进行电气化和提速改造。该铁路南通段途经海安、如皋、通州、港闸，全长91.2公里，2010年1月正式开工。该工程完成后，将建成兼顾城际功能的客货混运、通行双层集装箱列车的大能力快速通道，南京至南通运行时间可从3小时50分钟缩短至1小时50分钟，对于提升沿线城市品质、方便市民出行、加快经济社会发展具有十分重要的意义。