安徽巡抚，是清朝时期中国安徽省的巡抚。从二品官（加兵部侍郎衔者为正二品官），按例兼都察院右副御史，是安徽省地方政务的最高长官。

巡抚负责考察全省地方官吏，掌管全省关税、漕政等，若有用兵，则督理粮饷。每次乡试，按例由巡抚督试，武科则由巡抚主考。巡抚辖有直隶军营，名为“抚标”。嘉庆八年（1803年），安徽巡抚加提督衔，可管辖全省军队。

清顺治元年（1644年），设置凤庐巡抚，初驻凤阳府（今凤阳县），后改驻淮安（今淮安市淮安区），以操江巡抚管安徽事宜。

顺治六年裁，顺治十六年复设，后改凤阳巡抚。

顺治十八年，设安徽操江巡抚。

康熙元年（1662年），撤销操江，所属12营改隶两江总督，始设安徽巡抚，驻安庆。

康熙四年裁凤阳巡抚，所属庐州、凤阳2个府，滁、和2个州归并安徽巡抚管理。至此，安徽巡抚负责安徽全境巡抚事宜。

宣统三年（1911年），安徽省军政府成立后，安徽巡抚被废除。

安徽巡抚衙门于康熙元年设在安庆。咸丰三年（1853年），因太平军攻占安庆，省会迁到庐州（今合肥市），巡抚衙门随迁。同治元年（1862年），巡抚衙门迁回安庆，直到清末。

安徽巡抚衙门无固定的机构设置，也不设官员。衙门内一切保管及办理文牍等事务，皆聘用书吏、承差办理，有时也调用侯补佐杂官员及武弁临时充任。据《清会典》记载，巡抚衙门内有书吏人员30名。这种情形直到清代末年。

光绪三十三年（1907年）七月，巡抚冯煦奏准在巡抚衙门内设幕职，佐理文牍，分科治事。具体设置为：秘书1人，助理秘书2人，参事7人，各科精简者则1人兼两科，其繁者酌设助理1人。缮写文牍，稽核卷宗诸事，另设书记员若干人。还设有一个会议厅，按日分级会见各级官吏，商议重要政务。

宣统元年（1909年），巡抚朱家宝在巡抚衙门内设宪政考核处，处下设编制、审核两科，选派文案委员中谙习法政各员兼司核办。宣统二年，宪政考核处改名为宪政筹备处。

清朝末年，属巡抚直接管辖的机构有安徽督练公所和安徽宪政调查局。

光绪三十年八月（1904年9月），清政府令各省设立督练公所。光绪三十一年，巡抚诚勋在衙署中增设安徽督练公所。光绪三十三年十一月，巡抚冯煦奏请暂裁督练公所，改为督办处。光绪三十四年七月，又奏请规复，嗣由护理巡抚沈曾植奏明，复设督练公所。

安徽督练公所负责管理全省新旧各军及筹备粮饷、编练队伍一切事宜，以及与军队有关的学堂局所等其他有直接或间接关系的各项事务。督练公所设督办1人，由巡抚兼任；总参议2人，分别由布政使和按察使担任；副参议1至2人，一般由补用道充任。

督练公所内分3处8科，其具体设置及职掌是：

兵备处：负责考核章制，既各营功过赏罚，筹备粮饷，军械医务等事略。下设搜讨科，分管考核章制等事；执法科，分管功过赏罚等事，附属宪兵学堂；经理科，分管筹运粮饷、军械医务等事，附属筹饷局、军械局、火药局、制造局、官电局、德律风各处及医院。

参谋处：负责调查策划，并考查中外舆图形胜等事略。下设运筹科，分管调度策划等事；检阅科，分管检阅各军利弊得失等事，附实地观战及考查中外舆图形胜；测绘科，分管测绘中外舆图形胜等事。

教练处：负责考查训练兵队，及审订学堂课程事略。下设训练科，分管审订学堂课程等事，附监察要塞；教育科，分管审订学堂课程等事，附陆军各学堂及本处将校研究所。

以上3处，每处设总办1人，禀承督办之命，办理该处事务；设帮办1人，禀承总办之命，协助总办管理该处事务。3处下设有8科，每科设提调1人，管理本科工作。另设有正副文案、收发、核对、收支、差遣、清书等人，其人员数额视事务繁简酌定。

光绪三十四年三月开设，是专门办理清政府宪政编查馆应行调查的一切事件的机构，归安徽巡抚主管。宪政调查局设总办1人，综理局务，由巡抚选派。政宪调查局的内部机构设置及职掌是：

法制科（下设3股）：第一股，掌调查全省一切民情、风俗，并所属地方绅士办事，以及民事、商事、诉讼事的各种习惯；第二股，掌调查本省巡抚权限内的各项单行法及行政规章；第三股，掌调查本省行政之上沿习及其利弊。

统计科（下设3股）：第一股，掌属于外交、民政、财政之统计；第二股，掌属教育、军政、司法之统计；第三股，掌属实业、交通之统计。

以上2科 ，每科设科长1人，各股设管股委员1至3人，另设书记员若干人。

庶务处：掌一切杂务，由总办选派委员2人办理。

宪政调查局调查所得材料，按类编订，呈由巡抚咨送宪政编查馆。其统计事项，分送各主管部院。

宣统三年（1911年），撤宪政调查局，所有事宜，转交巡抚衙门办理。