牡丹社事件是日本对台湾高山族地区武装入侵事件。同治十年（1871年）12月，琉球船只于台湾南部触礁，船员登岸后被牡丹社高山族人所误杀。琉球当时为中国属地，日本却声称为其领有，借口保护“属民”，策划侵略中国台湾。十二年（1873年），日本政府派外务卿副岛种臣等来华交涉。中国声称“二岛（台湾岛和琉球岛）俱我属土，属土之人自杀，裁次固在于我”。翌年（1874年）五月，日军于琅峤登陆，大举向牡丹社一带进攻，遭到以阿禄父子为首的高山族人民的反抗。迫于日军火力退入深山。日军为实现长期占领和不断扩张，在占领区内修桥筑路，并设立都督府。清廷得悉，派船政大臣沈葆桢为钦差大臣、福建布政使潘蔚为帮办，前往台湾部署军事，加强海防。日军后援不继，又遇恶性疟疾流行，经英国公使威妥玛出面“调停”，与清政府签订《中日台湾事件专约》，给日本政府白银50万两，作为“抚恤”及在台湾修路、建屋等补偿。日军于同年十二月撤军。

琉球王国原本在明朝时为中国的藩属国，中国与琉球的宗藩关系有五百多年之久。自明初以来，琉球与中国的关系就很密切，琉球不断向中国进贡，琉球历代国王都接受中国册封。1372年，明朝太祖朱元璋对中山王察度发布诏谕。山北、中山、山南三王向明政府朝贡。琉球成为明王朝的藩属。清朝建立以后，琉球使节于1646年来华，受到顺治帝的接见。从此，琉球使节与清廷往来不断。1662年，清廷派遣兵科副礼官张学礼为正使出使琉球。此后，每逢琉球新王继位，都有清朝使节前往册封与庆贺。1663年（清康熙二年）和1756年（清乾隆二十一年），清帝两次赐印给琉球国王，乾隆所赐之印写有“琉球国王之印”字样。但是日本在江户幕府时期武力迫使琉球王国向日本进贡，等于琉球王国同时跟中国（当时为清朝）与日本称臣进贡，所以日本明治政府建立后一直想让琉球王国只向日本政府进贡称臣，进而并吞琉球，因此便等待机会下手。

而在台湾方面，清朝虽然在1683年顺利的将台湾纳入清帝国版图中，但是对于台湾的态度却一直犹疑不定，所以对于台湾的治理态度仅只于已经开发的区域，而对于尚未开发区域则以划分界线的方式限制人民越界开垦，并且不纳入统治范围内，因此成为后来日本出兵的有利条件。

1871年（中国清同治十年，日本明治4年）10月一艘琉球宫古岛岛民的进贡船在回那霸航行时遭遇台风，漂流至台湾南端，船上69名乘客溺死3人，有66人上岛登岸。但后来他们因闯入高士佛社台湾原住民住地，遭台湾原住民杀害54人，逃过一劫的其余12人则在当地汉人营救下前往台南府城，然后转往福州乘船归国。

1873年11月，日本政府派外务卿副岛种臣以“中国派遣特命全权大臣”的身份出使中国，针对宫古岛人遇害事件试探清廷的态度。随员柳原前光到清政府总理衙门询问琉球漂流民被杀事宜。柳原前光提出：“贵国台湾之地……贵国所施治者仅及该岛之半，其东部土番之地，贵国全未行使政权，番人仍保持独立状态。……遭其掠杀，故我国政府将遣使问罪。”清廷总理衙门大臣吏部尚书毛昶熙及户部尚书董恂表示：“番民之杀琉民，既闻其事，……。夫二岛俱我属土，属土之人相杀，裁决在我。我恤琉人，自有措置，何预贵国事而烦过问？”柳原前光争辩说，琉球为日本的国土，清政府应惩罚杀害琉球人的番民。毛昶熙说：“杀人者皆生番，故且置化外。……皆不服王化。”柳原前光说：“生番害人，贵国舍而不治，我却将问罪岛人。”

清廷官方表示遇害之宫古岛人皆已接受中国之抚恤及遣返处理，此事件与日本无关。副岛种臣则大争琉球为其属地，又陈述小田县民遇害的详情，并且问为何清朝不惩办台番，毛、董则以“生番”（不顺服清廷的台湾原住民）不服王化为理由推搪。又说：“生番系我化外之民，问罪与否，听凭贵国办理。”，这正中副岛种臣之下怀，“化外之民”的说法成为日本出兵台湾的借口和依据，是次出兵是为“牡丹社事件”。

台湾地理位置的极为重要，欧美各国对台湾时时想染指，在东方的新兴国家日本更是不落人后，对台湾虎视眈眈居心叵测。在一八七一年(同治十年，明治四年)十一月，有琉球宫古岛人民六十九人，因海上遇风，船漂至台湾琅峤附近的八瑶湾(今屏东县满洲乡)，溺死三人，六十六人上岸。六十六人进入牡丹社之地盘，被牡丹社排湾族原住民杀害五十四人。尚有十二人幸运逃出，获得社寮居民刘天保、杨友旺、宋国隆等人的救助，才得脱险，由台湾官方转送福州。一八七二年六月闽浙总督文煌，福建巡抚王凯泰连衔奏准遣送此十二人归返琉球。

当时琉球仍为中国藩属国，日本在长期的锁国政策下，琉球与日本并无关联，自明治掌权后即打破锁国政策，明治见琉球人民在台湾被杀是千载难逢的机会，于是在一八七二年(同治十一年)九月，册封琉球王尚泰为其藩主，强拉日琉之关系，同时照会各国公使，申明琉球已归日本，作为侵台之借口，并故意散布日军将进攻台湾之谣言。

一八七二年(同治十一年，明治五年)驻福州的日本领事馆，并派陆军少佐．桦山资纪(后任第一任日本台湾总督)及儿玉源太郎(后为第四任台湾总督)，以及水野遵(后为第一任台湾民政局长)．黑冈季备．福岛九成等人，前往台湾。六月由日本出发先到北京，再转香港，乔装为商人，再由福州搭广东号轮船渡海来台湾。到台湾后又得到驻淡水英国领事的协助，分头遍历台湾各处。这样费事来到台湾是为攻打台湾事前的情报工作，这群人细访民俗，密探防备并采测沿海水深等。这样调查后在一八七三年(同治十二年，明治六年)三月，特派外务卿副岛种臣为全权大使，外务大丞柳原前光为副使，搭龙骧舰赴北京。副岛命柳原会见军机大臣吏部尚书董旬，及吏部尚书毛昶熙，为牡丹社事件开始交涉。毛昶熙答之曰：“生番皆化外，犹如贵国之虾夷，不服王化，万国之野蛮人大部如此”。柳原再曰：“生番杀人，贵国拾而不治，故我国将出师问罪，唯番域与贵国府治犬牙接壤，若未告贵国起役，万一波及贵辖，端受猜疑，虑为此两国伤和，所以予先奉告”。毛昶熙答曰：“生番既属我国化外，问罪不问罪，由贵国裁夺”。柳原后叮咛曰：“…唯系两国盟好，一言声明耳”。谈判破裂，副岛电告本国政府大政大臣三条实美。副岛柳原等同年七月返回日本。日本和清国在谈判之中，又有日本秋田县民四名亦漂至台湾东部海岸，再遭劫掠。

于是，日本明治天皇依据大政大臣三条实美之奏章，向外界公告军事行动，派兵至台湾。各国此时也表明态度，驻日美国公使敏哈某(George Bingham)，与英国公使把克须(Hally Parkes)发表声明，保持中立。

日本陆军中将西乡从道(日本明治维新之元勋西乡隆盛之弟)搭乘高砂舰，率领日军三千六百余人从长崎出发，直扑台湾。闽浙总督李鹤年这位管辖台湾的最高长官在得知日本陆军中将．西乡从道致满清国政府声明书，才知人家已经出兵，惊慌不已，于是马上写信阻止。但西乡置之不理，于一八七四年(同治十三年，明治七年)三月二十二日，从琅峤湾(车城湾，今之射寮村)登陆，枋寮巡检王懋功，千总郭占熬虽派兵在琅峤，见到日军登陆，也没有阻止，任日军毫发无伤大摇大摆上岸。满清军根本就没有国土观念。此后，日军三千六百余人六月二日分三路开始进攻牡丹社。行同海盗，也等于对台湾不宣而战，也符合满清官员毛昶熙的言论「生番既属我国化外，问罪不问罪，由贵国裁夺」。

在台湾的原住民方面明知日军现代化的装备，不是对手，可是自己的土地更需要保护，不惜以牺牲自己生命，让敌人吃足苦头。所以排湾族的台湾原住民据石门，凭险扼守，埋伏血战，但日本军的炮火猛烈，终于败退。日军攻陷石门，再进攻牡丹社，展开超越限度的大报复，烧毁村庄，大量杀屠建威，附近五十七社被迫相继归伏。

日军方面因作战于险恶之地形，山路狭隘，重装备派不上用场，补给困难，死伤累累。而强悍的排湾族并不投降仍据深谷，频出阻击。因此日军陷入泥沼，进退维谷，战死者虽仅十二人，而病死者达五百六十一人，已损失原攻台兵额六分之一，只得放弃前线退守龟山，为维护日军的名誉，不可以尚未战胜而退兵，所以持久之计，屯兵开荒。日政府则见军事上并没有胜利，乃决定改以外交途径谋求解决。

北京满清政府闻报，即派沈葆桢为钦差大臣到台处理，虽循外交谈判途径，但日方总认为“生番不隶中国版图”，往来辩论。后乃诏令海疆戒严，大清钦命总理各国事务和硕恭亲王，及直隶总督李鸿章，即奏准特绶于总理船政大臣沈葆桢为钦差大臣，赴台监视日军动态，另在樽俎折冲之间，期以日军尽快退兵。沈葆桢，奉命于同年(一八七四年)六月三十一日率领福建水师赴台，又命福建陆路提督唐定奎，及福建巡抚王凯泰率兵二万五千准备出发。沈葆桢至台湾后，坐镇府城，并造派分巡台湾兵备道夏献纶，前往琅峤会见西乡从道。

同时在国际上日、俄对库页岛问题已起争执。又英、美两国向台湾注视，对日军犯台，此时均公开表示不满，英国派驻台湾领事乘英国军舰到琅峤视察。驻日英使向日质询，并提抗议书。美国令驻日公使禁止美人美船参加日本侵台事件。

日本政府看遣台日军的战况不佳，深恐战事胶着，以至全军覆灭，即特派日本全权办理大臣参议兼内务卿大久保利通赶赴北京。大久保于同年九月十日至北京前后谈判七次，初索赔军费三百万两。

满清政府也昏庸到底，以赔银五十万两外，在和约中确定“日本此次声称为保护琉民而进兵入台，中国不指为不是”，这是更大的损失，等于承认日本有权保护琉球，中国无形中丧失了对琉球的宗主国地位。同时，让世界各国认为大清帝国愿意赔款，而不敢作战。

于十月三十一日，由驻北京英国公使威绥玛(Thomas Wade)居中调停，和约成立，日军在登陆地的龟山建碑纪念后，退出台湾。这件日本借口牡丹社事件侵犯台湾，满清政府赔了夫人又折兵的情况下于此告终。

但是，日本政府这次出兵台湾，仅花小代价，就实际获利庞大，并因此使图谋台湾的野心更加炽烈，而成为后来占据台湾的头一个步骤。这牡丹社事件中可以很清楚看到，拿起武器迫使敌人撤出台湾的，并不是满清政府，也不是汉人系台湾人，而正是原住民系台湾人。

日本人开始向英、美等国租用轮船，雇用美国军事顾问，准备对台湾出兵、征讨台湾少数民族，并派遣桦山资纪、水野遵来台调查。最初，这些国家的驻日使节均对日本做法没有异议。但到出发前夕，英美等国却转变态度表示反对，因此日本高层下令军舰延期出发，但在港口整装的军方却不予理会。

1874年5月10日，日军于射寮（今屏东县车城乡射寮村）登陆。5月18日到5月21日，日军与台湾抗日派少数民族有小规模接触，互有伤亡。5月22日，佐久间左马太率领日军150人进抵石门（今屏东县牡丹乡石门村）遭到抗日派少数民族强烈抵抗，最后，日军陆战队攀上峭壁居高临下，情势逆转，少数民族败逃，牡丹社酋长阿禄古父子身亡。经此一役，多数采取观望态度的少数民族皆靠向日本。6月1日起日军分三路扫荡抗日派的牡丹社、高士佛社、女奶社等少数民族，沿途只有小规模抵抗，占领后焚烧村屋并撤回射寮营地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女奶社终于投降。日军移营龟山（今车城乡海洋生物博物馆附近）长期驻扎，但在热病侵袭之下，日军纷纷病倒，总指挥西乡从道中将要求日本政府早日撤兵。

一开始清政府仍不以为意，但到了战争开始后，清廷才意识到事态严重。因此于5月下旬派遣沈葆桢来台查看，办理台湾海防及对各国的外交事务。之后与日本大久保利通进行谈判，签订《北京专约》。

日本为了切断清朝与琉球的宗藩关系以彻底吞并琉球，后来曲解《北京专约》，指清朝已承认日本出兵是“保民义举”，所以清朝承认琉球人是日本属民，琉球属于日本。但清朝澄清北京专约所指之“民”，只是1873年漂流到台湾被生番杀害的小田县（今冈山县）之民，不包括1871年被杀害的琉球漂民。

但日本不理会。1875年7月，日本逼迫琉球与中国断绝关系，命令琉球停止对清朝贡，不接受清朝册封，撤销位于福州的琉球馆。1879年1月，日本勒令琉球国王尚泰宣誓遵奉日本国法；同年3月，日本派军警占领尚泰的住所，4月将琉球改名为冲绳县。

日本向清朝索赔50万两白银。虽然对日本这样一个东瀛小国赔款十分有失大清帝国的体面，但考虑到1840年以来大清帝国积贫积弱的实际情况，为避免节外生枝，清廷最终选择了花钱消灾，毕竟50万两对于整个大清国来说不过九牛一毛。钱是赔了，但是被这样同属被西方列强打压的小兄弟欺负了的事实，还是在朝中激起了轩然大波。由总理各国事物衙门牵头，群臣纷纷上奏，强调海防，引起了年轻的光绪帝高度重视，由此展开了一场关于海防战略的大讨论。清朝最后决定分别成立北洋水师和南洋水师，任命李鸿章为北洋通商事物大臣，总管北洋水师，任命沈保桢为南洋通商事务大臣，总管南洋水师。

琉球藩民墓：屏东县车城乡统埔村，清同治10年（1871年）因台风漂流至恒春八瑶湾的琉球居民五十四人被排湾族人出草，死者尸首由杨友旺及客籍张眉婆、林碰狮等人以一冢安葬于统埔村落边，日本政府借此事在同治13年（1874年）发动「牡丹社事件」，日军首领西乡从道每年给付年金，嘱咐林阿九家族代为管理祭祀。日据时期定期祭拜维护，大正14年（1925年）当年幸免于难的琉球人岛袋龟来台发起琉球藩民墓整修运动，并出版《牡丹社遭难民墓碑改修报告书》。大正15年（1926年）藩民墓开始整修，遭难者名单刻于碑上，昭和2年（1927年）12月完工。1978年冲绳史家又吉盛清来台，并分别于日、琉、台三地，推动“台湾遭害者之墓”与“琉球藩民墓”改修工作。1981年取得屏东县政府、车城乡公所同意兴工，1982年3月改建完毕，但将墓碑上的“大日本”三字涂掉。2000年碑文上的“大日本”字样恢复碑体原貌。

二鲲鯓炮台：国定古迹，又称“亿载金城”，位于台南市，1874年日本发动牡丹社事件时，清廷一面向日本抗议，一面派福建船政大臣沈葆桢办理台湾等地海防兼理各国事务大臣。沈葆桢以安平形势险峻，奏请建造仿西洋式炮台一座。炮台由法国人帛尔陀（Berthaud）设计，从同治十三年（1874年）起建，到光绪二年（1876年）完工。当时安平南边有一至七鲲鯓等七个沙洲岛，炮台位于二鲲鯓上，故称“二鲲鯓炮台”。因炮台入口城门上方有沈葆桢提额“亿载金城”，亦称“亿载金城”，或相对于“安平小炮台”称为“安平大炮台”。

鹅銮鼻灯塔暨附属建物：屏东县历史建筑，位于恒春镇鹅銮里灯塔路90号，清光绪7年（1881年）11月创建，清同治6年（1867年）3月9日，一艘美国籍商船“罗发号”从汕头驶往牛庄途中，航行至鹅銮鼻西南七星岩附近，触礁沉没，船员登岸后遭受龟仔角（社顶）原住民袭击，除清国水手一人逃至打狗（今高雄）外，全部罹难，且琉球人多次在该处亦遇难，并引发牡丹事件，应美国及日本政府之建议而筹设。

经过本次事件，清朝认识到台湾的重要性，对统治台湾的态度有极大的转变，在最后统治的20年（1874年-1894年甲午战争）中积极建设台湾。