存在于
真核生物细胞核和
细胞质中，它们的长度为100到300个
碱基(酵母中最长的约1000个碱基)。多的每个细胞中可含有105 ～106 个这种RNA分子，少的则不可直接检测到, 它们由
RNA聚合酶Ⅱ或RNA聚合酶Ⅲ所合成, 其中某些象
mRNA一样可被
加帽。
主要有两种类型的小分子RNA:一类是
snRNA(small nuclear RNA),存在于细胞核中；另一类是
scRNA(small cytoplasmic RNA)，存在于细胞质中。
小分子RNA通常与蛋白质组成复合物, 在细胞的
生命活动中起重要的作用, 某些snRNPs和剪接作用密切相关，它们分别与供体和受体
剪接位点以及分支顺序相互补。scRNA参与蛋白质的合成和运输, 如
SRP颗粒就是一种由一个7SRNA和蛋白质组成的
核糖核蛋白体颗粒,主要功能是识别
信号肽, 并将
核糖体引导到
内质网。