尤里乌斯三世继续主持了特兰托第二阶段(1551-1552年)。他设法限制枢机主教的圣禄,并整顿隐修院纪律,加强教皇权利。会议还针对瑞士宗教改革家
慈温利对圣体的非议,肯定经过祝圣的面饼和酒,本质已经变为真正基督的肉体和血,确认
告解和
终傅圣事符合圣经。
宗教改革形势在德国迅猛发展,但在英格兰却出现反复,
玛丽女王1554年下令废除亨利八世否定教皇权利的一切法令和措施,恢复
罗马教会对英国的统治,同时,将支持
亨利八世宗教改革的上层教士全部处死,还用火刑处死新教徒300人,人们称之为
血腥的玛丽。但民族教会运动已是大势所趋,教皇绝对权威已一去不复返。
尤里乌斯三世支持
文艺复兴运动,整顿罗马大学。这所大学由
卜尼法斯八世创建于1303年,16世纪利奥十世曾予以改组,1567年由
格列高利十三世加以扩建,成为
格列高利大学。尤里乌斯三世指示建立教廷安德烈教堂,1551年任命16世纪最著名的作曲家
帕莱斯特里纳为圣彼得教堂唱诗班指挥,
米开朗基罗·博那罗蒂为教堂建筑设计师。死后马塞勒斯二世继承宗座。