1996年3月9日，成立了山东大学产权研究所，最初几年在产权理论和制度经济学领域取得重要成果。2001年6月，合并重组后的山东大学，通过师资队伍和学科的整合，以产权研究所为基础改组扩建为经济研究院（中心），使之成为独立建制、直属学校的学院级科研和研究生培养机构，特聘教授黄少安任院长。
机构或学术平台设置：经济研究院下设有产权研究所、金融理论与金融工程研究所、法经济学研究所、计量经济学研究所、就业与社会保障研究所、
国际经济研究所、保险精算研究所、新经济史学与经济史研究室、经济周期与经济增长理论研究室、“三农”问题研究室、语言经济学研究室、教育经济学研究室等。产权理论、法经济学等是“211工程”和“
985工程”重点建设的学科或平台。
创办有《
制度经济学研究》（黄少安主编，集刊）和《山东大学研究生经济学学刊（半年刊）》两份学术杂志；与
浙江大学经济学院联合举办一年一度的“中国法经济学论坛”，已成功举办六届，影响力越来越大；“山大经济学讲坛”——特别为那些处于学术研究前沿、有名有实或有实无名的海内外年轻学者常年提供一个宣讲其创新性思想的讲坛。
科学研究：由于人才的汇集、严谨的学风和良好的氛围，研究院在科研、人才培养和服务社会等方面，短期内成绩显著。例如：以黄少安教授为带头人的产权理论和制度经济学团队；以魏建教授为带头人的法经济学团队；以陈增敬、孙天琦教授为带头人的数理金融、金融组织、保险理论团队；以谢志平和叶海云博士为主的一般均衡理论团队；以陈昆亭博士为主的经济增长与经济周期理论团队；以张卫国博士为主的语言经济学团队等，都取得了重要成果。
经济研究院自成立以来，共出版专著几十部，在《
中国社会科学》、《经济研究》发表论文50多篇，在《Econometrica》发表论文1篇，其它刊物发表论文数百篇。近年来，主持
国家自然科学基金、国家社会科学基金、教育部社科课题10多项，省级课题30多项，其它横向课题20余项。其中，作为首席专家分别于1998年和2004年两次中标教育部重大攻关课题。共获得国家级和省部级奖励30多项，其中省部级一等奖5项，孙冶方经济学奖（首届）“中国农村发展研究奖”。
人才培养：有完整的高质量的人才培养体系，拥有理论经济学、
应用经济学两个一级学科博士学位授予权，博士生的招生专业有：
政治经济学、西方经济学、世界经济、人口、资源与环境经济学、经济史、经济思想史、法经济学（自设）、语言经济学（自设）、金融学、国防经济、
数量经济学、产业经济学。研究生的培养，从课程设置、教材使用、教授方式等，完全与国际一流大学接轨，几乎每年都有硕士生和博士生在《中国社会科学》和《经济研究》等国内顶尖杂志发表论文，一批学生输送国外一流大学深造，表现优异。强调并落实学生培养的“三种经历”——海外经历、国内第二校园经历和社会实践经历。
交流合作：已经与北美、澳大利亚、欧洲等多所一流大学建立了良好的科研、人才培养方面的合作关系。也先后与国内一系列大学建立了良好的合作关系。特别是通过共同主办“中国经济学南方论坛”建立了国内高校资源共享、合作发展的平台。还在全国各地的一些金融机构、企业和政府机构、农村设有学生学习和实习基地。