在希腊哲学中，自然哲学占有十分重要的
地位，即使是在宇宙论衰落之后，自然哲学仍然构成了希腊哲学的重要内容，例如在
亚里士多德留给我们的著作中，有百分之八十是自然哲学方面的著作。
前苏格拉底哲学作为自然哲学或宇宙论，以自然的
本原为研究的对象。最初的
哲学家们大多用构成万事万物的材料作为本原，例如水、火、土、气等，这些本原观体现了自然哲学家们的一个朴素的观念：本原是
无定形的。万物从一个东西既本原中产生出来，生灭变化之后又回归本原，本原变化万物但终归还要回归自身，所以本原是一切，但又什么都不是，没有任何
规定性。当哲学家们用无定形的本原来解释自然万物的流动和变化的时候，
知识的问题越来越突出。当一些哲学家们争论究竟什么是无定形的本原时，另一些哲学家则认为本原必须是有规定的，这一派哲学家以
毕达哥拉斯学派和
爱利亚学派为代表。毕达哥拉斯把
数作为万物的本原，尽管“数”还不是一个思想概念，仍有感性的特征，但是与水火土气相比，毕竟具有相当的普遍性和抽象性；巴门尼德和其他自然哲学家一样，认为世界的本原是处于时空之中的对象，不同在于以前的哲学家所说的本原具有感性直观可把握的形体和性质，如可感的
物理性质以及可用数字符号和图形象征的数学性质，而巴门尼德则说明本原的意义和性质只能是
理性思辨和
逻辑论辩所把握的“是者”。
此后的自然哲学家为了解决巴门尼德提出的难题而采取了
多元论的方式，最终形成了当时自然哲学的最高成就，即
德谟克利特的
原子论。 然而，原子论哲学的创立也
标志着早期希腊自然哲学的终结。尽管自然哲学后来仍然是希腊哲学所研究的重要问题，但是早期希腊自然哲学的宇宙论衰落了。至亚里士多德，试图将自然哲学与本体论结合，但认识论的缺失和自然科学知识的匮乏等历史性局限，知识问题仍未解决。
希腊自然哲学关于宇宙本原的概念后来发展为
形而上学的最高原则。不同于神话的虚构、传说和笃信的看待和研究世界的方式，用新的理性的眼光看待世界，思考世界的原因和秩序，这标志着人类思想的一大进步。他们不仅是最早的哲学家，也是第一批自然科学家，当今科学精神的普及很大程度上得益于希腊自然哲学；
西方哲学绵延不断的理性主义传统在一定意义上也得益于这个充盈的源头。