民国元年(1912年)11月，将广东水师学堂改编为广东海军学校。续称第15期，学制6年。校长周淦，下设学监2人、教官10余人。民国6年，北洋政府收归海军部直接管辖，邓聪葆接任校长。

民国10年，第18期招生后，因陈炯明停发经费，被迫停办。从第15期至第17期共有毕业生 136人。民国17年复办，校长为广东海军司令陈策兼，后刘永诰、李庆文。恢复原第18期学生学籍，续招第19期学生。至民国27年，办至第24期，每期招收学生20-45人。日军侵粤后，学校迁至西江郁南之连滩，后迁至广西柳州，民国28年，蒋介石下令停办。