主要职责
（一）贯彻执行国家和省、市有关卫生工作的法律、法规和方针政策，起草有关地方性法规、规章草案，组织拟订有关标准和技术规范。
（二）编制与实施区域卫生规划，统筹规划与协调卫生资源的配置；指导各区、县级市卫生工作。
（三）组织实施农村卫生发展政策和规划，负责新型农村合作医疗的综合管理。
（四）制定社区卫生、妇幼卫生工作发展规划和政策措施,规划并指导社区卫生服务体系建设，负责妇幼保健的综合管理。
（五）负责疾病预防控制工作，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，负责健康教育的综合管理。
（六）制定卫生应急预案和措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件的预防控制与应急处置，负责食品安全事故等突发公共事件医疗救治的组织工作。
（七）指导、监督和规范卫生行政执法工作；按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
（八）组织实施国家基本药物制度，参与拟订药物政策，提出基本药物价格政策的建议。
（九）负责医疗机构医疗服务的行业管理。组织制定医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。负责监督管理辖区内血站的采供血及临床用血质量，协调全市无偿献血和特殊情况的供血工作。
（十）贯彻执行国家、省、市有关中医药方针政策；组织拟订并实施中医药事业发展规划。
（十一）组织实施重点医药卫生科研攻关项目，组织制定医学卫生科技发展规划，参与制定医学教育发展规划，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十二）指导卫生人才队伍建设工作；拟订卫生人才发展规划。
（十三）组织指导卫生方面的对外交流与合作和卫生援外的有关工作。
（十四）负责卫生统计（含广州地区部属、省直属单位及驻穗部队）和管理卫生信息化工作。
（十五）负责市委保健委员会确定的保健对象及市直各部门有关干部的医疗保健工作。
（十六）承办市委、市政府和上级卫生部门交办的其他事项。
内设机构
（一）办公室。负责综合协调局机关、卫生系统的政务、事务工作；负责会议组织、文秘档案、机要保密、宣传教育、新闻信息、政务公开、信访、外事、侨务等工作。负责局党委宣传工作，指导局直属单位思想政治、宣传教育、精神文明建设等工作。
（二）政策法规处。组织综合性政策调研，拟订卫生发展政策和卫生改革方案；负责卫生工作重大会议的文件起草；拟订卫生立法计划，组织协调卫生法规、规章的起草、报批工作；审查、管理卫生行政规范性文件；负责卫生行政复议、行政应诉工作；组织指导卫生系统普法工作和卫生行政执法人员法律培训工作。
（三）规划财务处。拟订卫生事业中长期发展规划，编制和组织实施区域卫生规划，统筹规划与协调卫生资源配置；编制卫生部门预算、决算，监督预算执行；指导局直属单位财务管理，组织实施财政支出项目绩效评价；提出医疗卫生服务价格建议，监管价格执行情况；拟订大型医用设备配置计划，监督大型医用设备配置和使用；负责卫生统计（含广州地区部属、省直属单位及驻穗部队）和卫生信息化工作；指导局直属单位的政府采购、招投标、基本建设和后勤管理工作；负责局机关财务和资产管理。
（四）公共卫生与监督处。指导、监督和规范卫生行政执法工作；按照职责分工，承担职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理工作；承担公共场所、饮用水等的卫生安全监督管理工作；承担传染病防治监督工作；组织查处医疗卫生违法案件。承担重要会议与重大活动的卫生保障工作。
（五）疾病预防控制处。拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；指导区、县级市疾病预防控制工作；组织局直属单位开展爱国卫生运动；统筹协调健康教育工作。
（六）农村卫生管理处。负责综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导农村卫生服务体系建设、乡村医生管理和新型农村合作医疗制度建设工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（七）妇幼保健与社区卫生处。拟订妇幼卫生、社区卫生的政策、规划、规范标准并组织实施；对妇幼保健、社区卫生实施监督管理；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（八）医政处。拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；承担建立医疗机构医疗服务评价和监督体系的有关工作；拟订医务人员服务规范；指导医院药事、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械、临床试验管理。承担重要会议与重大活动的医疗保障工作。
（九）药物政策与基本药物制度处。贯彻落实药物政策，组织实施基本药物制度；参与制定省级的基本药物目录，参与拟订省级基本药物采购、配送、使用的政策措施。组织研究基本药物制度实施的扶持、补助政策，提出基本药物价格政策的建议。
（十）中医药管理处。组织拟订中医药、中西医结合的政策和发展规划，并组织实施；监督和管理中医、中西医结合的医疗机构，对其他医疗机构的中医药业务进行指导和管理；负责组织中医药科研、人才培养、学术交流工作和发掘、整理、继承祖国医学遗产工作。
（十一）卫生应急办公室。拟订突发公共卫生事件卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；组织协调与指导全市突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及食品安全事故、核事故、辐射事故等突发公共事件组织实施紧急医学救援。
（十二）科技教育处。拟订医药卫生科技发展规划；参与制定医学教育发展规划；组织实施重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织指导医学重点专科（专项）建设；承担人类辅助生殖技术和人类精子库的监督管理；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作；参与指导高等医学院校临床教学工作。
（十三）组织人事处。负责局机关和指导局属单位的组织人事、机构编制、劳动和社会保障、计划生育、统战、工会、共青团、妇女和知识分子等工作；负责局机关干部队伍和局属单位领导班子建设工作；指导局属单位的党建和人事制度改革工作；组织实施卫生系统人才队伍建设规划；指导和协调卫生专业技术职务资格评审（认定）及聘任工作；承办出国人员的政审和备案工作。
（十四）干部保健局。负责广州市委保健委员会确定的保健对象医疗保健及健康管理工作，负责市直各部门有关干部的医疗保健工作；组织落实干部保健的有关政策并提出工作意见和建议；承担市委保健委员会的日常工作。统一规划和协调全市干部医疗保健和康复疗养基地建设，指导和协调保健工作队伍建设的有关工作。
（十五）审计处。负责对局属单位的财政预算资金、自有资金、财务收支、基本建设投资、设备购置、药品和医用耗材购销、医疗服务价格、专项资金使用等进行审计监督；负责局属单位领导干部任期经济责任审计工作；指导局属单位内部审计工作。
（十六）保卫处。负责局机关和指导局属单位开展内部的安全保卫、安全生产、消防安全工作；负责局机关和指导局属单位开展社会治安综合治理和维护稳定及反恐工作；负责预备役高射炮师医院和局属单位民兵预备役建设、军政训练、治安执勤工作。负责征兵和兵役登记工作。
（十七）离退休干部工作处。负责局机关离退休人员管理工作，指导局属单位的离退休人员管理工作。负责局机关的党建工作。
机构调整
2014年12月，广州市机构改革方案公布，
广州市人口和计划生育局的计划生育管理和服务职责与广州市卫生局的职责整合划入广州市卫生和计划生育委员会。不再保留广州市人口和计划生育局、广州市卫生局。