广州市第三十九中学创建于1956年。前身为私立广州市诚信会计补习学校，诚信初级文化补习学校。已并入13中

1965年曾是广州市教育局定为推行半工半读的试点学校之一。1969年起扩大办学规模为设有高中和初中部的完全中学。1984年高中部为适应广州市中等职业技术教育发展需要改名为广州市机电职业高级中学。1996年经市教育局批准恢复普通高中建制。已办成市内一所较具规模的完全中学。

2000年学校通过了广州市人民政府教育督导室的省达标完中验收。学校现占地面积4303平方米，校舍建筑总面积8169平方米。现有初、高中教学班30个，在校学生人数1562人。

学校教师队伍结构合理，素质水平高，教学能力强。现有教职工135 人，其中高级教师 14 人，一级教师有 48 人。教师中有硕士研究生1人，研究生课程进修班结业 14 人。