广西海洋环境监测中心站机构组成分三大部分，一是广西区属海洋环境监测中心站，成立于1985年1月，是广西壮族自治区环境保护厅直属的正处级公益性事业单位，属一级监测站；二是中国环境监测总站南海近岸海域环境监测西站，成立于2002年5月，为中国近岸海域环境监测网副组长单位，与广西北海海洋环境监测中心站同一套机构；三是广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站，是广西壮族自治区环境保护厅直属的正处级公益性事业单位。

广西海洋环境监测中心站、中国环境监测总站南海近岸海域环境监测西站、广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站是三个牌子、一套班子。

主要职能是负责广西近岸海域的环境质量监测、广西入海污染源的常规监测、事故应急监测，负责组织南海西部近岸海域和北部湾近岸海域环境质量监测、入海污染源的常规监测、事故应急监测，负责“广西近岸海域环境质量报告书”、“广西区环境质量报告书（海洋部分）”、“广西近岸海域环境监测报表” “广西近岸海域入海污染源监测报表”等的编制工作，参与海洋环境标准、技术规范、监测方法的研究、制订和验收工作；保护以儒艮和中华白海豚为主的珍稀海生动物及其栖息环境，维护生物多样性。

主要职能

根据工作的需要和性质，广西海洋环境监测中心站共设置总工办、办公室、人事宣传科、环评工程室、监测室、综合技术室、质量管理室、生态研究室、自动监测室、儒艮管理办公室10个科室，进行合理分工协作。

总工办

负责全面指导本站科研、技术和质量管理工作。提出本站发展定位，组织编制本站各种规划并组织实施，制订年度人才引进和仪器配置计划；负责组织贯彻执行国家颁布新的环境保护标准、技术规范，审核本站采用环境保护标准、技术规范的有效性；负责组织完成本站计量认证工作；组织新项目、新方法技术评审，组织开展科研和技术攻关；组织审核技术文件和监测数据；提出站内技术交流、员工培训工作重点，组织开展各种专题调研和国内外学术交流活动；组织对本站质量事故进行分析、技术论证，编写质量事故进行分析、技术论证的结论报告。

人事宣传科

负责事业单位机构改革（岗位设置管理）、人事管理和宣传教育工作。负责单位法人、机构代码年检工作；负责单位编制、劳动工资、人事工资等相关工作；负责单位退休人员管理；负责人员招聘、交流、专业资格与职务评聘、考核、奖惩、聘用制度管理等工作；负责干部培训管理工作，制定全年全员培训计划并组织实施，负责技术人员培训档案管理，职（执）业资格工作和证书审核发放等工作；协助做好干部选拔任用、监督、管理和考评工作；负责人事档案建立；负责组织单位对外宣传报道和新闻报道工作；协助做好监测工作；完成站领导交办的其他任务。

办公室

主要负责本站的文书、政工人事、档案、财务、车辆管理等行政后勤管理工作，并协助各业务科室做好业务工作。

监测室

主要负责开展各项常规监测、突发环境事故应急监测及环境影响评价、竣工验收等委托监测，并开展水、气、土壤、底质、植物、生物残留体、固体废物、噪声、海水、海洋沉积物和生物体等实验室分析工作。

综合技术室

负责本站技术管理和对外业务接洽工作。具体负责各种技术规范和标准收集、解释、监测业务培训、技术报告编制、项目委托等工作。

质量管理室

负责本站质量监督管理工作，具体负责本站计量认证、质量保证、实验用品、仪器设备的管理和维护等工作。

生态研究室

负责本站生态监测和科研工作，并开展叶绿素a、粪大肠菌群、总大肠菌群及浮游植物、浮游动物、底栖生物鉴定等生物实验分析工作；同时负责儒艮保护区的管护、科研工作，进行海草调查。

自动监测室

负责组织广西近岸海域水质自动监测站建设和管理工作，具体负责海洋自动监测系统的日常监控、维护保养，数据的接收、分析、编报水质自动监测报告。

儒艮管理站办公室

负责儒艮保护区的日常管理工作，开展儒艮、中华白海豚等国家珍稀海生动物及其栖息环境、海草床生态系统的保护、研究、宣传教育工作；依法查处破坏保护区的各种违法活动，防止沿岸“三废”对自然保护区海域的污染。

环境科研室

负责环境影响评价项目的动态管理工作；负责环境影响评价和环保工程资质管理工作；负责环境影响评价项目和环保工程相关资料收集、整理、建档；负责环评、竣工验收数据上报工作（数据由各项目组长按照相关规定及时提供）；在站统一安排下，完成各项环境影响评价工作；负责环保工程设计及施工的管理工作；负责开展环境影响评价技术、污染治理技术研究；负责环评质量体系文件的修订和宣贯工作；协助做好监测工作；完成站领导交办的其他任务。