厦门大学教授，先后在厦门大学历史系、人类博物馆、南洋研究所、
人类学系从事教学和科研工作，担任教授。一生从事考古、方志学、中外海上交通史研究，发现并参与发掘泉洲湾宋代海船等一批重要文物。编著学术论著8部，撰写论文100多篇。主要有《古刺桐港》等。
13岁考进
泉州培元中学后，在《儿童世界》发表第一篇小说。18岁毕业后，在
培元中学、西隅学校任教。
民国18年(1929年)，庄为玑考进
厦门大学文学院史学系。毕业时获史学系文学士学位，到
厦门大学附设中学任教。课余时，选定泉州地方史作为研究方向。民国24年，他在《
厦门大学学报》发表《中国方志改革刍议》论文，提出“革新旧志，方志入史”的新见解。次年，又发表《泉州方志考》，提出重修新志的原则与方法。
同年4月，庄为玑和
吴文良发现泉州中山公园(今体育场)的唐贞观墓群，因而参加由
郑德坤、
林惠祥主持的考古发掘。秋，他转赴新加坡华侨中学任教，一年后回到
集美中学任教。
民国27年秋，庄为玑随集美中学内迁安溪，在后垵村发现一座唐初古墓，墓砖上印有“武吕”铭文。他报请批准发掘，后发表《安溪唐墓的发掘与研究》，得到史学界的重视，晋升为讲师。
民国30年，庄为玑受邀来泉州晋江县中(今
泉州一中)担任教务主任。民国33年秋，应聘出任县教育科长。此时，他重新校订乾隆版《晋江县志》。是年秋天，他辞去县教育科长之职，往仙游县海疆学校担任讲师，将校订十分之九的《晋江县志》交付晋江县文献委员会铅印出版。
民国35年，庄为玑回
厦门大学任教。经过几年的努力，终于编纂成6卷60万言的《晋江新志》。民国37年，铅印出版第一册10多万字。解放后，庄为玑三修《晋江新志》，著名方志学家朱士嘉教授誉之为“解放后第一部私人编写的县志”。
1956年，庄为玑在泉州
后渚港发现5座小石塔，内藏元代白瓷佛像，塔碑刻有“至元癸未仲夏……后山杨山泽”。经查证，这与《元史》记载至元二十九年忽必烈为进攻爪哇召集各地战船云集后渚港有关。
1973年，庄为玑应邀参加修订
泉州海交馆陈列大纲。8月18日，陪同晋江地区革委会副主任张立到
后渚港考察海交史迹，寻访古码头。经当地搬运老工人提供线索，发现一条沉埋在海滩中的古代木船。次年夏，由厦门大学历史系、
福建省博物馆和晋江地区的考古人员联合进行发掘，庄为玑积极参加。一艘残长24.20米、宽9.15米的宋代远洋货船终于出土，震动世界考古界，极大地提高了泉州的知名度。这是研究宋代航海史非常重要的实物。
庄为玑一生的学术研究成果累累，著述颇丰，除《晋江新志》外，还有《古刺桐港》、《泉州地方志论集》、《福建历史地理》、《厦门史迹》、《海上丝绸之路的著名港口——泉州》等专著，发表论文100多篇，著述总字数达400多万字。
由于在学术研究上的杰出成就和贡献，庄为玑被推选为
中国考古学会理事、
中国海外交通史研究会理事、中国古陶瓷研究会副会长、泉州历史研究会副会长，并受聘为
中国航海学会、
中国造船工程学会、
中国地理学会、
中国地名学会、福建省考古博物馆学会以及福建、厦门、泉州等省市
地方志编纂委员会顾问。
1991年春节，庄为玑不顾年迈体衰，应邀来泉州参加联合国教科文组织的“中国与海上丝绸之路”国际学术讨论会，由于感受风寒引起并发症，于2月病逝，享年83岁。弥留之际，遗嘱把一生所珍藏的2000多册图书分别捐赠给厦门大学图书馆和泉州市档案局。