2006年,与
杨立洲合作执导纪录片《
奇迹的夏天》,该片是他个人执导的第一部电影,获得第43届台湾金马奖最佳纪录片奖。
2008年,自编自导由
张榕容、
黄裕翔合作主演的剧情短片《天黑》,该片获得第10届台北电影节最佳剧情短片奖、第45届台湾电影金马奖最佳短片奖提名。同年,与
何蔚庭、郭承衢联合执导喜剧片《
天黑·夏午·阖家观赏》。
2010年,执导剧情片《哈奇向前冲》。2011年,与
孔玟燕合作执导音乐纪录片《
五月天追梦3DNA》,该片内容包括五月天在台湾、香港、北京、新加坡等地的演唱会片段,其中穿插了三段动人故事。
2012年,执导根据真人真事改编而成的剧情片《
逆光飞翔》,该片由张榕容、黄裕翔、
李烈领衔主演,获得第25届东京国际电影节亚洲之风-亚洲-中东地区最佳电影奖提名,他则因此凭借该片获得第13届华语电影传媒大奖最佳导演奖提名、第49届台湾电影金马奖最佳新导演奖。2013年,执导林俊杰的第10张专辑《因你而在》专辑预告短片。同年,与其他三位导演联合执导剧情短片《
台北工厂》。
2014年,执导由
巫建和、
郑开元共同主演的犯罪片《
共犯》,张荣吉凭借该片获得第5届金考拉国际华语电影节最佳导演奖。2017年,执导改编自日本推理作家岛田庄司同名小说的爱情悬疑片《
夏天19岁的肖像》,该片由
黄子韬、
杨采钰合作主演。2023年4月,执导电影《莫莉的冒险》发布预告。
张荣吉的导演风格细腻清新,尤其擅长青春题材(苏照彬评),他在拍摄过程中的认真态度和敬业精神都让演员们格外敬服(新浪娱乐评)。不同的场次他会营造不同的气氛去感染演员,让演员知道接下来会是怎样的感受,很有感染力(黄子韬评)。