病原微生物是指可以侵犯人体，
病原体在
宿主中进行生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度的病理变化，引起感染甚至传染病的微生物。
感染和免疫是一对矛盾，其结局如何，根据病原体和宿主两方面力量强弱而定。如果宿主足够强壮，可以根本不形成感染；即使形成了感染，病原体也多半会逐渐消亡，于是患者康复；如果宿主很虚弱而病原体很凶猛，则感染扩散，病人将会死亡。
除了宿主自身的力量，有效的抗菌药物和其它措施的协同作用也必不可少，在多种因素的共同作用下，大多数疾病可以很快治好。依靠不断发展的科学进步，总是能够不断控制和消灭有害人类和动物的
微生物。
有研究表明，浇灌粪肥的蔬菜会被病原微生物污染，距离施肥时间越近，蔬菜表面大肠菌群数量越多，用自来水浸泡、冲洗等方法对去除蔬菜表面的大肠菌群有一定效果，其中以冲洗效果最佳。此外，最好的杀灭蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。