藻丝单列，细胞为球形、椭圆形、圆柱形、腰鼓形等，同大，或从基部至梢端逐渐变细；藻丝平直，弯曲或规则地卷曲、旋绕；丝状体无分枝或具各式样的伪分枝；具胶鞘，鞘内有一至多条藻丝。依属种的不同，其胶鞘为透明无色或有颜色，均质或有层理，胶状或坚韧；藻丝大多数具异形胞，为球形，长球形或锥形，位于藻丝的基部（基生）、在营养细胞之间（间生）、或在藻丝的两端（端生）；伪分枝发生的位置往往和异形胞有关。有许多属具厚壁孢子，基生或间生，有时（例如念珠藻属）在整个藻丝上除异形胞外，其全部的
营养细胞都可发育成厚壁孢子。有许多属产生段殖体进行繁殖。
念珠藻目下分5科：
念珠藻科(Nostocaceae)、
微毛藻科(Microchaetaceae)、胶须藻科(Rivulariaceae)、伪枝藻科(Scytonemataceae)和颤藻科 (Oscillatoriaceae)。
亦有将
颤藻科另列为
颤藻目 (Oscillatoriales)的，因为它缺异形胞和厚壁孢子，体制上与其他几科有明显差异。
本目蓝藻有的可作食用，如
发菜、葛仙米、螺旋藻等；有许多能固氮，可作为生物肥源，如鱼腥藻，单歧藻等。有一些种类是引起水体水华的主要种类，有重要的生态意义。