自卫队的陆海空三军都已经编入联合国军，所以战略自卫队是日本政府可以直接指挥的唯一军队。战自的编成包括步兵、战车、飞机等等，都是以往军队当中延伸出来的兵种，基本上擅长对人作战，但也参与攻击使徒及都市攻略扫荡等行动。他们配备有N2兵器、BC兵器（生物化学武器）等武器，不能小看其军事战斗能力，英文名称为JSSDF“JapanStrategySelf-DefenseForce”，常常简称为战自。在电视版中，日本战略自卫队的作用是在使徒与NERV之间提供缓冲或给NERV提供支援。但在EndofEvangelion中，SEELE欺骗日本政府称NERV妄图发动人类补完计划灭绝人类，日本政府派遣战略自卫队入侵NERV地底都市，占据中央教义区，以求在碇源堂发动
第三次冲击之前阻止他。