1917年孙中山在护法运动中建立的军政领导机关。1917年“张勋复辟”失败后，孙中山积极主张恢复《临时约法》和国会，反对段祺瑞的独裁统治。1917年7月赴广州，8月25日召开国会非常会议，31日通过《中华民国军政府组织大纲》，宣布组织军政府。军政府实行大元帅制，设大元帅一人为国家元首兼行政首长；元帅二人，协助大元帅处理政务；并设立外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部，各部设总长一人，由国会非常会议选出，大元帅特任。9月1日军政府成立，孙中山当选为大元帅，唐继尧、陆荣廷当选为元帅（二人均未就任）。后西南军阀勾结北洋直系军阀，图谋排斥孙中山。1918年5月4日孙中山辞去大元帅职务；18日国会在西南军阀指使下宣布《中华民国军政府组织大纲修正案》，改大元帅制为总裁合议制，改组军政府，选举总裁七人。孙中山虽为七总裁之一，但实权操于桂系军阀手中。孙中山未就职而赴沪。护法运动夭折。1920年10月护法军政府被桂系军阀宣布取消。

孙中山于1917年9月在广州成立的政府。正式称中华民国军政府。因其为“勘定叛乱，恢复临时约法”而设，故名。国会第二次被解散后，孙中山于1917年7月6日由上海南下广东，筹组新政府。部分国会议员，响应孙中山的号召，南下抵粤，8月25日在广州召开国会非常会议。30日通过并于第二天公布了《中华民国军政府组织大纲》。接着，选孙中山为大元帅，唐继尧（1882～1927）、陆荣廷（1859～1928）为元帅。军政府设财政、外交、内务、陆军、海军、交通等六部。9月10日，大元帅就职，军政府宣布成立。按该组织大纲规定：大元帅行使中华民国行政权，对外代表中华民国，对内统辖各部，为国家元首兼行政首脑。元帅协助大元帅筹商政务。各部总长由非常国会选出，咨请大元帅特任，协助大元帅执行职务。军政府下设都督若干，以各省督军赞助军政府者任之。军政府成立后，领导护法斗争，为恢复《临时约法》和国会，实现“真共和”，铲除假共和而搏斗。护法斗争很快兴起，扩展到10多个省区。但是，孙中山领导的护法斗争所依靠的力量，除海军与部分国会议员外，主要是西南军阀。西南军阀军政府并不是为了真护法，它们反对北洋政府皖系军阀推行的“武力统一”，却赞同直系军阀首领冯国璋（1857～1919）提出的“南北议和”，并暗中与之联系。这与孙中山的主张相左。

1918年5月18日，国会在与西南军阀有联系的政学系策划下，通过了《修正军政府组织大纲》，改大元帅制为总裁合议制，主要内容是：“军政府之行政权由总裁会议以政务院赞襄行之”；总裁以合议制行使职权，会议每次轮推1人为主席；总裁代表军政府总揽会议；设政务院，由政务委员组成；院长和各部总长为政务员；院长由国会选举，总裁会议任命；政务员辅助总裁，对国会负责；政府发出政务性文告由总裁连署，政务员副署；在政务院设参事会，参事由各省议会或其他法定机关选出，总裁会议任命；设军事委员会，由各省军长所派的军事代表1人及经军政府任命之军事委员组成；各省长官改称都督和省长；司法机关依原制设大理院等。1918年5月20日，非常国会即选出孙中山、伍廷芳、唐绍仪（1860～1938）、唐继尧、陆荣廷、林葆怿、岑春煊（1861～1933）七人为政务总裁。西南军阀和政学系政客借用这种带有“合议制”词句的组织形式和改变政府领导人员的手法，排挤孙中山而夺权，以除去其与北洋政府直系议和的障碍。孙中山洞察改组军政府的险恶用心，遂即向非常国会辞去大元帅之职，并于5月21日离粤赴沪。

1918年7月5日，改组后的军政府成立，实权落到桂系军阀手里。他们压制、排挤亲近孙中山的伍廷芳、唐绍仪。8月19日推岑春煊为总裁会议主席。军政府的大权被篡夺，护法运动告失败。此时，孙中山才认识到南北军阀犹如“一丘之貉”。它也可为谈论政体、制度，只看形式上的民主性而不察其实质者鉴。