1980年，深圳设立经济特区。特区成立初期未设政协组织。市政协的前身是深圳市政务咨询委员会。1989年1月，中共深圳市委下发《关于成立市政务咨询委员会筹备委员会和市政务咨询委员会筹备委员会办公室成员组成的通知》，决定成立深圳市政务咨询委员会筹备委员会，市委书记李灏同志兼任主任委员，市委副书记秦文俊、周溪舞同志兼副主任委员，委员22名。政务咨询委员会定位为深圳市人民政府的高层决策咨询机构及各民主党派、无党派人士、人民团体和人民群众参政议政和民主监督的重要组织。1990年9月，根据中共深圳市委的决定，中国人民政治协商会议广东省深圳市第一届委员会筹备组成立，秦文俊同志任组长；10月，经调整，周溪舞同志任组长。筹备组成立后，共召开5次会议，讨论通过了《关于召开政协深圳市第一届委员会第一次会议筹备工作方案》，协商通过了第一届委员会委员名单、提案委员会建议名单和大会选举办法（草案）等，为成立市政协作好了准备。

1990年12月，政协深圳市第一届委员会第一次会议召开，标志着深圳市政协正式成立。委员116名，界别29个，常务委员22名，主席周溪舞。

1995年5月，政协深圳市第二届委员会第一次会议召开，委员249名，界别34个，常务委员26名，主席林祖基。

2000年6月，政协深圳市第三届委员会第一次会议召开，委员343名，界别32个，常务委员40名，主席李容根（2002年3月止）、主席李德成（2002年3月起）。

2005年5月,政协深圳市第四届委员会第一次会议召开，委员384名，界别32个，常务委员57名，主席李德成（2008年4月止）、主席王顺生（2008年4月起）。

2010年5月，政协深圳市第五届委员会第一次会议召开，委员498名，界别32个，常务委员87名，主席白天（2013年1月止）、主席王穗明（2015年5月止）。至2013年7月，委员增补至516名，常务委员增补至93名。

2015年5月，政协深圳市第六届委员会第一次会议召开，委员500名，界别32个，常务委员88名，主席戴北方（2020年9月止）、主席林洁（2020年9月起）。

2021年5月，政协深圳市第七届委员会第一次会议召开，委员504名，界别32个，常务委员90名，主席林洁。

根据政协章程规定，深圳市政协设常务委员会，常务委员会由主席、副主席、秘书长和常务委员组成，每届任期五年。

深圳市政协设立办公厅、提案委员会、经济委员会、人口资源环境委员会、科教卫体委员会、社会法制和民族宗教委员会、港澳台侨和外事委员会、文化文史委员会、联络工作委员会。办公厅下设秘书处、机关党委（人事处）、研究室、综合处、行政接待处、宣传信息处等6个处室，直属事业单位市政协文史馆。8个专门委员会各下设工作处。

市政协主席：林洁。

市政协副主席：田夫、吴以环、陈倩雯、王大平、姜建军、王宏彬、乔恒利。

市政协党组副书记：王强。

市政协党组成员：陈林。

市政协党组成员、秘书长、办公厅主任：梁增昌。