新疆农业科学院（Xinjiang Academy of Agricultural Sciences）是新疆维吾尔自治区人民政府直属的综合性农业科研机构。

1955年10月，在涂治教授的倡导和策划下，新疆农林牧科学研究所成立，研究所是新疆维吾尔自治区第一个正规科学研究机构。

1959年2月，新疆维吾尔自治区人民委员会决定农林牧科研所一分为四，成立农业、林业、畜牧兽医、农业机械化4个独立研究所，分别隶属新疆维吾尔自治区农业厅、林业厅、畜牧厅、农业机械工业管理局领导。

1962年9月，上述农林牧机四所重新合并，恢复新疆农林牧科学研究所名称，归中国科学院新疆分院代管，同时接受新疆维吾尔自治区农业厅、林业厅、畜牧厅的指导。

1964年5月18日，新疆维吾尔自治区人民委员会决定在农林牧科研所基础上成立新疆农业科学院。

1965年2月8日，召开庆祝大会，新疆维吾尔自治区党委第一书记王恩茂出席并宣布新疆农业科学院正式成立。

1981年2月，林业、造林治沙两个研究所分出，成立新疆林业科学院，归属新疆维吾尔自治区林业厅直接领导。

1982年6月，畜牧、兽医两个研究所连同种鸡试验场分出，成立新疆畜牧科学院，归属新疆维吾尔自治区畜牧厅直接领导。

2021年3月，新疆农业科学院协同共建国家耐盐碱水稻技术创新中心；11月20日，新疆农业科学院与玛纳斯县人民政府共建全国农业科技现代化先行县暨玛纳斯农业产业技术研究院签约揭牌仪式在玛纳斯县举办。

2023年10月22日，新疆农业科学院与麦盖提县人民政府共建的红枣产业研究院签约暨揭牌仪式在麦盖提县举行。

2024年7月，作物遗传改良全国重点实验室新疆开放合作基地在新疆农业科学院揭牌成立。

截至2023年9月，新疆农业科学院拥有在职职工931人，其中高级职称524人（正高级236人，副高级288人），高级职称占56.3%；有博士149人，硕士413人；研究生学历占60.4%；40岁以下青年科技人员占62.3%。拥有中国工程院院士1名，国家级“百千万人才工程”入选5名，“万人计划”科技创新领军人才2名，国家级有突出贡献优秀专家7名，享受国务院政府特殊津贴专家72名，新疆维吾尔自治区优秀专家51人次。拥有国家现代农业产业技术体系33人，自治区现代农业产业技术体系94人。

中国工程院院士（专职）：吴明珠

国家级百千万人才工程入选（不全）：郭文超、李雪源、戴健

万人计划科技创新领军人才：余庆辉、李雪源

国务院特殊津贴专家（不全）：戴俊生、阿里甫·艾尔西、徐万里、王成、余庆辉、梁晓玲、郭文超、李雪源、赵奇、吴新元、戴健、马雪琴、伊鸿平

新疆维吾尔自治区有突出贡献优秀专家：梁晓玲、李雪源、阿里甫·艾尔西、王成、郭文超

新疆维吾尔自治区自治区优秀专家：梁晓玲、李雪源、吴新元、戴健

新疆维吾尔自治区天山领军人才：郭文超、赵奇、王浩、余庆辉、李雪源、梁晓玲、吴新元、戴健

据2024年1月科学院官网数据，新疆农业科学院拥有17个研究所（中心）、10个试验场站。建有国家、部委科技平台50个、自治区科技平台26个，中长期科研基地37个。

国家级研究中心：国家小麦改良中心新疆分中心、国家糖料改良中心乌鲁木齐分中心、国家大麦改良中心乌鲁木齐分中心

国家级观测实验站：国家土壤质量阿克苏观测实验站、国家植物保护库尔勒观测实验站、国家土壤质量新市区观测实验站、国家农业乌鲁木齐观测实验站

农业农村部重点实验室：农业农村部西北绿洲农业环境重点实验室、农业农村部荒漠绿洲作物生理生态与耕作重点实验室、农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室、农业农村部农产品质量安全风险评估实验室

农业农村部观测实验站：农业部西北玉米抗旱生物学科学观测实验站

新疆维吾尔自治区重点实验室：新疆特殊环境微生物实验室、新疆特色果蔬基因组研究与遗传改良重点实验室、新疆农产品质量安全重点实验室、新疆农产品加工与保鲜重点实验室、新疆设施农业智能化管控技术重点实验室、新疆农作物生物技术重点实验室

新疆维吾尔自治区研究中心：新疆维吾尔自治区智慧农业工程技术研究中心、新疆农业农村大数据应用中心

院属研究所：粮食作物研究所、经济作物研究所、园艺作物研究所、植物保护研究所、土壤肥料与农业节水研究所、核技术生物技术研究所、微生物应用研究所、农业机械化研究所、农业质量标准与检测技术研究所、农业经济与科技信息研究所、农作物品种资源研究所、国家棉花工程技术研究中心、哈密瓜研究中心、生物质能源研究所、农产品贮藏加工研究所、吐鲁番农业科学研究所

院属试验场站：综合试验场、海南三亚农作物育种试验中心、玛纳斯农业试验站、奇台麦类试验站、轮台果树资源圃、拜城农业试验站、库车陆地棉试验站、温宿水稻试验站、墨玉农业试验站、莎车农业试验站

据2024年1月科学院官网数据，新疆农业科学院各类平台实验室总面积1.22万平方米，拥有科研仪器设备4152台（件）、设备总金额1.99亿元，用于试验、示范、良繁的科研用地1.5万亩。

据2024年1月科学院官网数据，新疆农业科学院图书馆馆舍面积为3710平方米，书库面积为2500平方米的图书馆大楼。拥有馆藏农业类图书10万余册，中外文期刊合订本2万余册，中文、外文农业期刊2千余种，内刊、资料6万种，22万册。订购各种报刊、杂志千余种，各语种藏书30万册。此外尚有联合国粮农组织（FAO）专藏及自建中文内刊文献数据库收录资料从60年代、80年代、90年代到至今有关水稻、玉米、棉花、甜菜、油菜、红花、蓖麻等资料3万余条。

拥有中外文信息资源25种。外文专题资源15种，其中全文文献有8种，文摘与题录7种；中文信息资源有11种，其中中文期刊数据库资源3种（维普中文科技学术期刊全文数据库、万方数据资源系统等），特色资源数据库6种（中亚五国专业数据库、新疆棉花产业综合等六种特色资源数据库、重要报纸、博硕士论文等专业数据库），知识产权信息网2种（中国知识产权网、扬凌农业知识产权信息网），联合国粮农组织FAO专藏、电子图书等基本上满足了科研对文献信息的需求。

据2024年1月科学院官网数据，新疆农业科学院先后与20余个国家的科研院校建立了良好合作关系，建设有科技部国际合作基地、自治区引智示范基地、中亚有害生物综合防控技术国际联合研究中心等，与中国国内50余家高水平科研院校开展深层次合作。

2022年6月29日，山东省农业科学院与新疆农业科学院签署《山东省农业科学院新疆农业科学院战略合作框架协议》。

2023年3月31日，泽普县人民政府与新疆农业科学院共建新疆大豆育种家泽普基地合作协议签约仪式在县人民政府举行。

2020年12月，新疆农业科学院被授予“2019-2020年节约型公共机构示范单位”。

据2024年1月科学院官网数据，建院以来，新疆农业科学院共取得各类科研成果1573项，获奖成果634项，其中省部级二等奖以上奖励265项，审（认）定新品种502个。

《新疆农业科学》创刊于1958年，是由新疆农科院主管，新疆农科院、新疆农业大学、新疆农学会主办的综合性农业学术期刊。是中国科技核心期刊、中文核心期刊、中国农业核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊“四核期刊”。2010年主持项目荣获新疆科技进步奖三等奖。被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》、英联邦农业与生物文摘数据库（CABI）、美国《剑桥科学文摘：自然科学》（CSA：Nat.Sci.）、英国《动物学记录》（ZR）、中国CSCD、CJCR、CAS-OAJ等中国国内外45家数据库、开放存取平台及检索刊物收录。

《农村科技》创刊于1985年，是由新疆农业科学院主管主办，立足新疆、面向中国国内外公开发行的省级农业类学术期刊。自2007年，分别被中国学术期刊网络出版总库、万方数据-数字化期刊群、中文科技期刊数据库全文收录。

《新疆农机化》创刊于1985年，是由新疆农业科学院主管，新疆农业科学院农业机械化研究所主办的专业性学术刊物。主要读者对象为农机管理、技术人员；农机推广、监理、科教人员；农机使用、维修人员；农机生产、营销人员、科研人员、农机院校师生及农机手、农牧民等。该刊设置政策法规、现代农业与农机化、管理服务、农机科教、技术推广、安全监理、节水灌溉、使用维修、新机具新技术、开发研究、国外农机、棉田机械化、棉花加工、农牧产品加工、畜牧机械化、特色农业机械、贮藏保鲜、设施农业、农村新能源、质量监督、企业天地、农机大市场、动态信息等20多个栏目。

据2024年1月科学院官网数据，新疆农业科学院重点培育和构建了作物遗传育种、作物栽培、农业生物技术、植物保护、应用农业微生物、农业资源与生态环境、农业工程与机械装备、设施农业、农业经济与农业系统工程、农业信息技术应用、农产品质量标准、农产品贮藏与加工等重点学科。

新疆农业科学院院徽背景为绿色，中央为新疆天山图案和科学院的英文简称，上方为雪莲图案，两侧为绿树枝，代表新疆的农业科学。

求实创新，协同献身，努力攀登，争创一流

2023年5月12日，新疆农业科学院举办主题教育系列活动“传承农科精神、学习身边榜样、争做时代先锋”主题道德讲堂。