新疆医科大学是1998年经教育部批准，由原新疆医学院和原
新疆中医学院合并而成。原新疆医学院是1956年毛泽东主席和周恩来总理亲自决策，作为第一个五年计划由前苏联援建我国的156个重点项目之一。在党中央的亲切关怀下，汇集了一批来自北京、上海、东北、湖南等地的医学精英，组成了学校初始的教职工队伍。2006年通过国家本科水平评估为优。
为了适应21世纪医学人才培养的需要，2001年新疆医科大学更新教育观念，改革教学内容和方法，加强学生素质教育和实践能力、创新精神的培养，对医学基础课实验教学进行了改革。根据学科课程的特点，在资源共享的理念指导下，学校对原有的基础医学实验教学的课程进行了科学的优化整合，撤销了各教研室所属的教学实验室，以“高起点、高水平、高效益”为标准，通过优化整合实验教学资源。创建了校级基础医学实验教学中心（以下简称中心），包括分子医学实验室（
生物化学、
免疫学、
遗传学）、形态学中心（生物学、组织胚胎学、病理学）、机能学中心（药理学、生理学、病理生理学）、病原生物学实验室（寄生虫学、微生物学）、人体解剖学实验室。承担我校医学24个专业及专业方向、8个层次的医学基础实验教学任务。先后以日元贷款、省部共建、重点学科、重点实验室建设项目等多种方式，累计投入3500万元进行基础医学实验教学中心建设, 实验室增添了一大批先进教学仪器设备，增强了实验教学手段，改善了教学环境，提高了实验技术水平，为培养适应社会发展需要的具有国际竞争能力的高素质创新、实践性医学人才提供了良好的实验教学技术平台。中心建成后实现了实验室建设的跨越式发展，成为新疆医科大学三个校级实验教学中心之一,并按教育部和省级实验教学示范中心的标准进行规划建设。
本中心从2001年开始筹建，现已形成系统的基础教学实验室管理体制，中心坚持“以实验教学改革带动和促进实验室建设”的理念，组建基础医学实验教学的大平台, 形成基础医学实验教学的五大模块,创建了“一体化、多层次、开放式”的基础医学实验教学体系，构建了有特色的基础医学实验教学课程体系。该体系中的代表性实验课程—机能学实验课程和全英文的留学生实验课程在实践中不断完善，取得了可喜的成绩。
中心的建立极大的促进了我校实验教学的改革和发展，已正式出版《机能学实验教程》、《留学生实验教程》等教材。先后获得自治区教育厅“十五教育规划”和学校等多项教改课题资助，取得了一批有示范推广意义的成果, 获得多项自治区优秀教学成果奖。
各项实验教学改革成果促进了学校的精品课程建设，《病理生理学》、《医学免疫学》、《生物化学》、《组织胚胎学》、《药理学》于2004年和2005年分获自治区精品课程。现本中心设施齐全先进、实验教学团队优秀、管理体制规范高效、环境安全可靠，已发展成为在国内有重要影响的基础医学实验教学单位之一，在周边地区和国家具有良好的示范作用和辐射效应。