医院成立于1989年，1993年经自治区编委会批准医院同时增挂新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所牌子，院所合一。2004年医院被批准为新疆医科大学第三临床医学院及新疆维吾尔自治区肿瘤防治中心。医院是自治区癌症中心，是中山大学肿瘤防治中心新疆中心，是中山大学孙逸仙纪念医院逸仙乳腺肿瘤医院新疆医院。
医院现开放床位1650张，设41个临床科室，19个医技科室和36个职能单元。在岗职工2133人，其中高级专业技术人员377人，硕士及以上学位736人，
博士生导师38人，
硕士生导师139人。享受
国务院政府特殊津贴专家9人，国家级
百千万人才工程1人，全国先进工作者1人，
白求恩式好医生5人，自治区有突出贡献专家5人，自治区天山英才27人（含天山英才-科技创新领军人才6人，天山英才-科技创新团队2人，天山英才-青年拔尖人才4人），天山英才医药卫生高层次领军人才3人，中青年骨干人才22人；新医名医10人，院级名医21人，名师4人，单病种首席专家9人，学科带头人13名，学术带头人36名，学科骨干57人，教学能手14人，技术能手7人。
肺内科(一病区)、肺内科(二病区)、淋巴瘤内科、乳腺内科、消化内科、中医肿瘤科、神经外科、乳腺甲状腺外科、头颈外科、乳腺外科(一病区)、乳腺外科(二病区)、胸外科(一病区)、胸外科(二病区)、胃肠外科(一病区)、胃肠外科(二病区)、骨与软组织肿瘤及黑色素瘤科、肝胆胰外科(一病区)、肝胆胰外科(二病区)、泌尿科、妇外一科、妇外二科、妇外三科、妇外四科、妇外五科、黑色素瘤科、头颈放射治疗科、胸腹放射治疗科、乳腺放射治疗科、妇科放射治疗科(一病区)、妇科放射治疗科(二病区)、呼吸神经内科、肿瘤心脏病科、介入诊疗科、急诊科、重症医学科(
ICU)、姑息医学科、日间病房(一病区)、日间病房(二病区)、日间病房(三病区)、麻醉与围术期医学中心、综合特需科、疼痛与康复治疗科。