日本国家安全保障会议被外界称为日本版NSC（National Security Council）或“国安会”，主要负责解决、应对国家安全问题。2013年11月7日，日本众议院通过了设立“国家安全保障会议”的法案。 2013年12月4日，日本国家安全保障会议正式启动。

安保局执行“6大部门321体制”，即6大部门的头把交椅分别按照防卫省占据3个、外务省占2个、警察厅占1个分配；部门设置方面，分为“总括”“战略”“信息”“同盟·友好国”“中国·朝鲜”“其他地区”六大部门。

日本“国家安全保障会议”是在借鉴美国国家安全委员会的基础上产生的，职能与其相当。

安倍已经任命内阁官房参事谷内正太郎担任安保局局长，首相助理礒崎阳辅出任国家安全保障担当助理。总管事务的审议官由曾任第一次安倍内阁首相秘书官的外务官僚林肇和防卫省地方协力局次长前田哲担任。负责整体协调的“总括”部门为核心牵头部门，准备起用防卫省日美防卫合作科长增田和夫。“战略”将启用防卫官僚赤濑正洋，他曾担任过冲绳防卫局企画部部长及冲绳高级协调官，是“冲绳问题通”。“其他地区”将启用防卫省宣传科长伊藤茂树，“情报”将启用警察官僚、2013年正被贬内阁情报调查部的白井利明。“同盟·友好国”将启用在美使馆负责安保方面工作的船越健裕，“中国·朝鲜”将启用负责日美安保条约的科长鲶博行。

日本为了有效运用国家安全保障会议这一机制，将开通利用专线与美英两国安保系统保持联系的热线。日本将与美英两国举行以信息交换为主的定期会议，并强化相互之间的关系。日本方面将由国家安保局局长出席，而美国方面将由国家安全保障事务总统助理或亚洲事务高级部长以代表身份参加。英国将由首席首相助理参加。根据情况，日本内阁官房长官和国家安全保障担当助理也将出席。日本还将开始与法国、德国、俄罗斯和韩国等国家磋商开通类似热线。

与日本现有的国家安全决策体制相比，改组后的国家安全保障会议的特点在于：

第一，进一步强化首相官邸“司令部”作用。

第二，加强紧急事态的危机管理。

第三，提高日本的情报收集能力。

同时，与国家安全保障会议绑定的还有《特定秘密保护法案》。

“国家安全保障会议”将由首相安倍晋三任主席，常设由首相、内阁官房长官、外务大臣、防卫大臣组成的“四大臣会议”，以及增设“国家安全保障局”。“四大臣会议”将定期会晤，研讨日本中长期战略性问题，制定涉及外交和安保问题的基本方针，如有需要，“4人会议”还将扩大为由财务大臣、国家交通大臣、国家公安委员长等内阁成员参加的“9人会议”，就涉及日本国防、外交的重要事项进行审议。而“国家安全保障局”则被认为是“国家安全保障会议”的核心。“国家安全保障局”作为“国家安全保障会议”的事务局，将以首相官邸为中心，负责制定中长期安全战略，并及时处理危机管理工作。

日本“国安会”的核心是由首相、官房长官、外相和防卫相组成的“四大臣会议”，负责制定日本中长期的外交和安全保障战略，并制定大规模灾害等突发事件的应对措施。“国安会”执行机构的“国家安全保障局”分析并策划起草外交、防务和反恐等方面的情报有关方案。会议每两周召开一次，首项工作将是在2013年内制定国家安全保障战略和新防卫大纲。

2013年12月4日日本首相安倍晋三召开了有多位核心内阁成员参加的“国家安全保障会议”首次会议。会议主要讨论了日本政府拟于2013年内制定的国家安全保障战略、朝鲜半岛局势和中国划设东海防空识别区等议题。

早在2006年安倍第一次执政期间，就提出以美国国家安全委员会为范本，建立日本国家安全保障会议。但由于在野党普遍反对，未获国会通过。安倍2012年第二次执政后，再次提出法案。2013年11月7日，日本众议院全体会议，以执政党多数赞成的结果，通过了设立“国家安全保障会议”的法案。

2013年12月4日，日本首相安倍晋三，副首相麻生太郎，官房长官菅义伟，外务大臣岸田文雄，防卫大臣小野寺五典5人，在首相官邸召开了首次国家安全保障会议。日本国家安全保障会议正式启动，日本首相安倍晋三主持会议，并围绕中国划设防空识别区交换了意见。

日本政府2013年12月4日还决定，将把中国划设防空识别区一事作为应对课题写入《国家安全保障战略》。

官房长官菅义伟在2013年12月4日的记者会上表示：国家安全保障会议将采取两周开一次的频率，围绕外交和防卫问题进行讨论，并得出基本结论，充分发挥司令塔的作用。他还称，2014年1月将在内阁官房新设60人规模的国家安全保障局作为实施该法案的直接机构，并由首相身边的辅佐官担任保障局负责人。将划分为负责美国、中国和朝鲜等地区局势的6个小组。今后将以外务省、防卫省和警察厅为中心，同时将招募自卫队人员和民间人才，力争建立超过100人的体制。

日本国家安全保障会议为闭门会议，日本政府仅对会议内容做了简单阐述，具体内容并未向媒体公开。此前国家安全保障会议相关法案出台时，曾引发在野党普遍忧虑，担忧该会议提高了首相官邸在外交和安保方面的决策权，但缺乏第三方机构对其加以监督。

2013年12月4日，副首相兼外务大臣麻生太郎及自卫队统合幕僚长（总参谋长）岩崎茂也出席了4日在首相官邸召开的首次“四大臣会议”。内阁官房长官菅义伟称，“国家安全保障会议”发挥司令部作用极其重要，今后将每两周召开一次“四大臣会议”，协商外交防卫和安全保障问题，并确定基本政策方向。

日本日本国会通过《特定秘密保护法案》引起了社会各界的强烈反对。安倍晋三政权设置国家安全保障会议是修改宪法解释、允许行使集体自卫权的第一步。有了《特定秘密保护法》，日本政府有关外交、防卫政策的重大信息就能按照执政者的意愿被隐瞒，民众很可能被蒙在鼓里。正如日本媒体所指出，本次制订的国家安全保障局纲领中提出，该局将吸纳自卫队官员作为成员，这将自卫队摆在了由政府直接安排的组织前线。“国安会”和《特定秘密保护法》将使日本再次变为战前那种“警察统治的国家”。

日本共产党参议员井上哲士曾公开表示，《国家安全保障会议设立相关法案》、《特定秘密保护法案》与集体自卫权宪法解释修改，是对宪法基本理念的践踏。安倍的“国家安全保障会议”无异于“战争司令部”，这只能让日本成为好战的国家。

英国《金融时报》评论称，安倍正致力于从日本首相的角色转换为总司令，强化日本的国防力量。其中最明显的变化是建立一个美式的国安会，该委员会从12月开始，集中处理国防和外交政策，并进行危机管理。这个“领土相关特命委员会”的50名成员中有一半来自自卫队，这意味着首相和自卫队之间将有密切互动。事实上，在上任仅一年时间里，安倍与自卫队的互动已超过他之前的所有战后日本首相。