日本法院组织是根据1947年《裁判所法》，日本废除旧的行政法院和特别法院，实行单一的法院组织体系。司法权由最高裁判所（或译法院）和下级裁判所行使^最高裁判所管辖上诉案件及特别抗诉案件和弹劾案件，其任何判决均为终审判决；由长官1人和法官14人组成，长官由内阁提名，天皇任命，法官由内阁任命，天皇认可；并享有违宪审查权。下级裁判所包括简易裁判所、
家庭裁判所、地方裁判所和高等裁判所。地方裁判所与家庭裁判所属同一审级。简易裁判所审理诉讼标的不超过30万日元的民事案件和法定刑为罚金以下案情较轻的刑事案件。地方裁判所是民事、刑事案件初审法院，并受理不服简易裁判所判决的上诉案。家庭裁判所负责《家事审判法》所规定的家庭案件及《少年法》所规定的少年保护案件的审判，对离婚案件只进行调解，调解无效即移送地方裁判所民事庭。高等裁判所审理上诉或抗诉案件，并受理以其为终审级的民事案件或法定的重刑案件。
地方裁判所 由法官和助理法官组成,管辖民事、刑事初审案件，并受理不服简易裁判所的判决而提出上诉的案件,大多数案件由1名法官独任审理。死刑、无期徒刑、1年以上徒刑或监禁的犯罪案件,以及上诉或抗诉案件，由法官3名组成合议庭审理，其中可以有1名助理法官。助理法官不得独任审理，也不得担任合议庭的裁判长。法官和助理法官由最高裁判所提名，内阁任命。
家庭裁判所由法官和助理法官组成，负责《家事审判法》所规定的家庭案件的审判和调解，以及《少年法》所规定的少年保护案件的审判，例如禁治产（见自然人）的宣告、子女收养、监护人的委托和解任、遗嘱验证、
扶养和遗产分割等。对离婚案件，家庭裁判所只进行调解。调解不成即移送地方裁判所民事庭处理。成年人虐待儿童的犯罪案件，由家庭裁判所审理。16岁以上未成年人犯有严重罪行需要给予刑事处分的，应转送检察官起诉。家庭裁判所审判不公开；除法律规定需要组成合议庭审理的案件以外,均由1名法官独任审判，但调查官可以参加。
高等裁判所由裁判所长官和若干名法官组成，一般管辖上诉或抗诉案件，并受理以其为终审级的民事案件或法定的重刑案件。由法官3人或5人组成合议庭审理。高等裁判所长官由最高裁判所提名，内阁任命，天皇认可。法官的任命与地方裁判所相同。
最高裁判所由裁判所长官1人和法官14人组成,管辖上诉案件、特别抗诉案件和弹劾案件，其任何判决均为终审判决。对案件的审理，可根据情况决定由大法庭或小法庭进行。大法庭由全体法官组成,满9名即可开庭；小法庭由法官5名组成，满3名即可开庭。最高裁判所长官由内阁提名，天皇任命；法官由内阁任命，天皇认可。最高裁判所下设事务总局和3个附属机构,即司法研修所、裁判所书记官研修所和家庭裁判所调查官研修所。