昆明市滇池管理局是为了适应滇池保护和治理的需要，于2002年4月，在昆明市滇池保护委员会办公室基础上组建的。
历史沿革
按
昆明市人民政府对机构设置的通知规定，昆明市滇池保护委员会办公室（昆明市滇池管理局）既是市滇池保护委员会的常设办事机构，又是市政府主管滇池污染治理与滇池保护和行政执法的
职能部门。
2004年4月23日，成立了滇池管理综合行政执法局，标志着滇池依法保护和管理又迈上新的台阶。
主要职责
昆明市滇池管理局职责
照市委、市政府的要求，昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）的主要职责是：
（一）编制滇池保护和滇池水污染防治总体规划、专项规划、年度计划及综合整治方案，并组织实施。
（二）宣传贯彻国家有关法律、法规和《
滇池保护条例》；督促有关县区政府和市级有关部门依法认真履行滇池保护职能；承担滇池保护治理的对外宣传及新闻发布工作；指导有关县区政府和市级有关部门及基层开展滇池保护的各类宣传教育活动。
（三）研究提出涉及滇池保护的七个县区及乡镇政府和市级有关部门滇池治理的目标、任务，经市政府批准后组织实施；对有关县区政府和市级有关部门滇池治理目标、任务的完成情况进行督促、检查和考核。
（四）负责滇池污染治理项目的审查，参与项目业主的确定及项目的监督管理；组织开展或参与滇池治理工程项目建议书、可行性研究报告、初步设计及施工图设计审查等工作。
（五）参与涉及滇池保护的七个县区滇池保护范围内开发项目的审批工作；负责对七个县区滇池保护范围内所有建设项目的审查并提出审查意见；对影响滇池和水资源保护、水污染防治、生态环境等方面的建设项目实行“一票否决制”。
（六）按照国家和省的法律、法规，起草有关滇池管理行政处罚的实施细则，经批准后组织实施。
（七）根据省政府的决定和昆明市滇池管理相对集中行政处罚权方案，负责滇池管理综合执法；领导滇池管理行政执法队伍；负责滇池管理综合执法相对集中行政处罚工作的管理、监督、指导、协调。
（八）负责行使滇池水体范围内水政、渔业、航政、土地、规划、水环境保护、林政、排水管理等方面的行政处罚权。
（九）制定七个县区利用外资项目发展规划，负责滇池治理对外合作及外资项目的引进并组织实施。
（十）拟订滇池保护的地方性法规、政府规章及相应的滇池保护管理配套办法，并督促贯彻执行。
（十一）负责滇池治理世行贷款项目的管理并组织实施；负责筹集、管理和监督使用滇池治理基金及其他各项治理经费。
（十二）负责滇池综合治理专家组的管理、联系并提供服务；负责对专家提出的意见、建议和课题研究报告的收集、整理上报；负责对确定的科技攻关项目的组织实施。
（十三）负责滇池水资源的统一管理和科学调度，在市防汛抗旱指挥部的统一领导下，协同市防汛抗旱指挥部办公室、市水利局做好滇池防洪渡汛工作；负责城市排水、城市污水处理、排放的管理，对滇池水污染防治工程项目实施监控。
（十四）指导监督七个县区滇管局（执法分局、滇保办）和滇池投资公司的工作。
（十五）承办市委、市政府、市滇池保护委员会和上级机关交办的其他事项。
内设机构
根据上述职责，昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）机关设11个内设机构（正科级）和机关党委。
（一）办公室
（二）规划计划处
（三）治理项目管理处
（四）环境影响监督处
（五）政策法规处
（六）宣传教育处
（七）财务处
（八）对外合作及外资管理处
（九）执法管理处
（十）执法监督处
（十一）人事处（离退休人员办公室）
内设机构的职责由昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）在组织实施本部门“三定规定”工作中负责审定印发，同时抄报市委编办备案。
机关党委
负责机关和所属单位的党群工作。
人员编制
昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）机关行政编制51名（含1名离退休工作人员编制）。其中，局长1名（正县级）、副局长5名（副县级，其中1名副局长兼任昆明市滇池管理综合行政执法总队总队长）、总工程师1名（副县级）、中层领导职数17名。机关党委专职书记1名、专职纪检监察员1名（正科级）、离退休人员办公室主任1名(正科级)。
主要领导
党组成员、副局长：申开银
党组成员、副局长：唐运宏
党组成员、副局长：李应书
党组成员、副局长：马建坤
党组成员、副局长 ：杨旭
副局长：过龙根（挂职一年）
其他事项
（一）昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）在涉及滇池安全度汛、城市防洪方面，应加强与市防汛抗旱指挥部办公室和市水务局的联系和配合，在市防汛抗旱指挥部的统一领导下，负责做好主要出入滇池河道管理范围内的防洪安全，做好所负责的工程项目防洪排涝安全，督促施工单位落实安全度汛措施，确保防洪排涝安全，做好滇池的水体置换、水量调度管理工作。
（二）滇池水量调度控制应用计划，由昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）经市水务局上报省水利厅批准后实施。《滇池取水许可证》由取水单位向市水务局申请，由市水务局委托昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）进行初审，市水务局审核后核发，水费由昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）负责征收，按收支两条线的规定执行。
（三）根据《云南省人民政府印发关于昆明市滇池管理开展相对集中行政处罚权工作方案的决定》（云政发〔2003〕123号）精神和相关法律、法规，昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）履行省政府和市委、市政府规定的行政处罚权。昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）负责组织开展《
滇池保护条例》、《昆明市排水管理条例》及滇池水体、入滇池河道等纳入综合执法范围内企业违法排污行为的查处工作；负责对滇池流域建设项目选址审查、排水许可的审查等。以上项目以外涉及滇池流域的工作由
昆明市环境保护局负责。
（四）
昆明市公安局环保分局在履行滇池治安管理职责的同时，协助昆明市滇池管理综合行政执法局开展相对集中行政处罚权的工作。
（五）昆明市滇池管理局（昆明市滇池管理综合行政执法局）管理昆明市滇池管理局渔业行政执法处、昆明市滇池管理综合行政执法总队、昆明市滇池地方海事处、昆明市城市排水管理处、昆明市滇池生态研究所、昆明市城市排水监测站、昆明市西园隧道工程管理处、昆明市滇池水利管理处。
机构事件
2022年2月，经省委批准，决定对“古滇名城”长腰山片区及滇池南湾未来城五渔邨项目违规违建问题相关责任单位昆明市滇池管理局通报问责。