即明代的程朱理学与陆王心学。自北宋兴起的理学，至南宋朱熹集其大成。明代理学，大致可分为三个阶段：①明初程朱理学被奉为统治思想；②明中叶王守仁心学的崛起及王学的广泛传播；③明末对理学的总结和反思。

理学这种哲学化的儒学，对于维护封建制度的作用，自非汉唐时期的儒学所能比拟。明王朝的开创者非常懂得程朱理学的重要。早在明初开国伊始，即有刘基、宋濂等理学家，与明太祖朱元璋论道经邦，议论礼乐之制，以孔孟之书为经典，以程朱注解为规矩。其后，解缙等人对明成祖朱棣的讲筵、入对，更是君臣唱和。遂于永乐年间，在朱棣的御临下，以程朱为标准，汇辑经传、集注，编为《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》，诏颁天下，即所谓“合众途于一轨，会万理于一原”，作为治国齐家的统一法理和准则。程朱理学遂取得了独尊的地位。

明代中期，王学崛起并得到广泛传播。朱学虽然也还是官方哲学，但逐渐退居次要地位。王守仁学凡“三变”（“泛滥于词章”、“遍读考亭遗书”、“出入佛志”为前三变；“以默坐澄心为学的”、“专提改良知三字”与“所操益熟，所得益化”是后三变），最后建立了心学体系。其学说集宋明理学史上心学一派之大成，达到了主观唯心主义心学的高峰。王守仁心学的主要论题有三：一曰心即理；二曰知行合一；三曰致良知。这三个论题都围绕发明本心的良知这一中心思想。可见，他的思想渊源上承陆九渊立大本，发明本心的统绪。由于王守仁事功赫奕，弟子众多，于是王学得到广泛传播。浙中则有王畿、钱德洪，“挤阳明而为禅”，为浙中王学。此外还有江右王学、南中王学、楚中王门、粤闽王门、北方王门等，地域很广。王学后来影响最大的是泰州学派。王艮、何心隐、罗汝芳、李贽等，都是当时有名学者，对王学有所发展。

明末社会动荡，天崩地解，王学衰微。刘宗周和黄道周是明末两个理学大师。刘宗周持“慎独”之说，讲学于蕺山、明亡，不食而死。黄宗羲、张履祥、陈确皆其弟子。黄道周精于《易》学象数，其天文历算之学，十分深邃。方以智及“易堂九子”，对理学有所讥评，进行反思，由此产生了对理学的重新认识。明末清初随之兴起了以颜元为代表的事功之学；王夫之为代表的总结诸子百家之学的哲学思想；出现了探讨理学产生和发展的专门著作，黄宗羲的《明儒学案》、《宋元学案》堪称为杰作，兴起了以顾炎武所强调的“实事求是”的考据文学，对理学重视概念争辩而脱离社会实际的空虚迂阔学风有所批评，于是理学衰微，实学兴起。