它是在更早之前成立的秘密组织“蜥蜴同盟”（Lizard Union）的基础上创立的一个组织。1454年，普鲁士联盟的领袖约翰尼斯·冯·贝森正式向波兰国王
卡齐米日四世申请，请求波兰兼并普鲁士，这一事件引发了条顿骑士团与波兰王国之间的“
十三年战争”（1454-1466）。普鲁士联盟也参与了战争，但其主要活动是在普鲁士的城市中为波兰筹措战争资金。
条顿骑士团在
格伦瓦尔德战役战败后，于1411年与波兰-立陶宛联盟签订了《
第一次托伦和约》。根据和约规定，条顿骑士团被迫向波兰赔付高额赔款。为了缴纳赔款和重建军队，条顿骑士团向治下的普鲁士城市征收重税，骑士团的这种行为引起了普鲁士各城市的不满。
这种不满累积了三十余年，普鲁士人最终将自己组织起来，开始反抗条顿骑士团的统治。1440年3月4日，由19个城市共53名贵族与教士在汉萨同盟城市但泽、埃尔宾、托伦领导下建立了普鲁士联盟，总部设立在克维曾。4月3日又有数个城市加入了联盟。新的联盟成员在但泽签署了一份文件，文件存档于托伦。
1441年，
条顿骑士团大团长保罗·冯·鲁斯道夫死于1441年。他的继任者康拉德六世·冯·厄里克豪森与普鲁士联盟开展谈判，试图得到一个妥协的方案。谈判一直持续到1449年康拉德六世·冯·厄里克豪森去世为止。其后，普鲁士联盟派出使者在神圣罗马帝国内部进行活动，试图寻求支持以反抗条顿骑士团。条顿骑士团新任大团长路德维希·冯·厄里克豪森用更强硬的态度面对普鲁士联盟。他向神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世的法庭提交诉讼，法庭于1453年裁定普鲁士联盟非法。
1454年2月，普鲁士联盟武装反抗条顿骑士团的统治，双方爆发战争，加布里埃尔·冯·贝森和约翰尼斯·冯·贝森领导普鲁士联盟请求波兰国王卡齐米日四世提供援助，双方达成协议。普鲁士联盟不仅获得了波兰的军事援助，还得到波兰国王给予的相关特权。
“
十三年战争”以条顿骑士团的战败告终，双方签订了《
第二次托伦和约》。骑士团失去了西普鲁士，西普鲁士成为波兰王国的一个自治省。条顿骑士团继续保留对东普鲁士的所有权，但成为了波兰王国的臣属。条约实际上使普鲁士联盟的成员陷入分裂的状态中，联盟也因此停止了运作。
条顿骑士团与波兰王国双方都寻求教皇保罗二世和神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世对条约的确认，但双方都同意此条约不需经由皇帝和教皇的批准即可生效。然而不久之后，双方就于瓦尔米亚大主教区的地位问题产生争论，这个争论引发了随后的“教士战争”。
托伦（Thorn）、库尔姆（Kulm）、埃尔宾（Elbing）、但泽（Danzig）、布劳恩斯贝格（Braunsberg）、柯尼斯堡（Konigsberg）、奈弗夫（Kneiphof）、格鲁琼兹（Grudziądz）、施特拉斯堡（Strasburg）、诺伊马克（Neumark）、勒包（Löbau）、雷登（Rehden）、兹纳缅斯克（Znamensk）、阿伦斯堡（Allensburg）、辛顿（Zinten）、马莫诺夫（Mamonovo）、兰茨贝格（Landsberg）
米维（Mewe）、但泽旧城（Altstadt of Danzig）、诺恩堡（Neuenburg）、劳恩堡（Lauenburg）、韦巴（Łeba）、海尔（Hel）、普茨克（Putzig）