曾文溪发源自台湾岛阿里山山脉，向西流经嘉义县、台南市而由七股区出海。河流长度138公里，流域面积1212平方公里，源头海拔2440米，主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。

曾文溪有丰富的水力资源，全台湾最大的水库曾文水库，即在曾文溪上游，此外，在曾文溪的支流上，尚有南化水库及乌山头水库等，除了供水发电之外，也都成为重要的观光景点。此外，由于曾文溪挟带砂石与生物碎屑在出海口沉积，提供了大量养分，因而蕴育了河口地区丰富的底栖生物与浮游生物，也吸引了大批水鸟在此处栖息。著名的珍贵鸟类黑面琵鹭即栖息在曾文溪河口北岸，因此设有七股黑面琵鹭保护区。

曾文溪流域的鱼类部份迄今累计共记录到46科120种，较过去文献中所记录之 5科27种增加甚多，主要是因为过去在曾文溪的下游及河口并无任何调查之鱼种资料。其中包括3种新种，6 种台湾新记录种，7种台湾特有种，及14种外来种。三种新种均属?虎科中的褐吻虎，它们分别是短吻虎、斑带吻虎、南台吻虎（ 1996）。其中除短吻虎在西部主要河川的上游均有分布外，另外的斑带吻?虎及南台吻虎两种，仅分布在曾文溪及高屏溪较高海拔的水域（陈, 1994），因此弥足珍贵，应予保护。七种台湾特有种中，台湾间爬岩鳅、台湾石、粗首、短吻镰柄鱼、及台湾马口鱼为普遍存在于台湾，除东部以外之水系；埔里中华爬岩鳅则只出现在中南部地区，何氏棘则只在东部及南部，而以曾文溪为其北界。

上游鱼类共25种，其中以?鱼及台湾石?为优势种，此二种的稚鱼几乎整年都会出现，故推测其生殖期为全年，但稚鱼出现以夏季为多，余较少，故上游鱼类的生殖活动除可能受水温及食物量两项因子所控制外 ，曾文溪的流量即降雨量亦可能为其主要的控制因子。

中游鱼类共21种，中游地区因受到水库拦水之影响，溪水变浅，流速迟滞，因此水温较高，溶氧降低，故所调查记录到的鱼种，多以湖泊栖性的鱼类为主，如鲤、鲗、团头鲂或吴郭鱼等。

下游鱼种高达94种，占所有鱼种的78%。其组成受取样及干湿季之影响甚钜，即旱季时，海水鱼可入侵20公里 （至西港一带），故曾文溪下游鱼类群聚之变动受季节性之影响颇大。

综合而言，曾文溪上游除外来种外，本土之鱼种虽少，但尚称稳定；中游污染较严重，鱼种虽不少但不稳定；下游则因海水鱼入侵而使鱼种多而复杂，群聚亦不稳定

每年大约秋分过后，来自北方的娇客黑面琵鹭，重要栖息地就是在台南县曾文溪北岸。

台南县政府农业局森林及自然保育课长颜秋雄说，县府公告黑面琵鹭保育区约三百公顷，另农委会所划设其重要栖息地则约六百三十四公顷，不得开发或利用。这一区大致为河口沼泽湿地环境，可分成沙洲、泥质滩地、水域与周遭的鱼塭、养殖池等栖地类型。动植物如黑琵、招潮蟹、鱼虾、湿地及红树林等等，自成一生态体系。

南县府在七股设置黑面琵鹭保育管理中心，期使成为国际黑琵研究重镇外，藉此推广休闲旅游及湿地生态保育观念。

曾文溪流经台南县楠西乡、玉井乡、大内乡、山上乡、善化镇、官田乡、麻豆镇、安定乡、西港乡、七股乡、最后在台南市安南区和七股乡之间，流入台湾海峡，全长138.5公里，流域面积1176.7平方公里，源头海拔高2440公尺，其主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。

道光三年此次改道后的曾文溪主流并未因此而安定下来，在其 后的百余年间亦经数次大改道。

同治十年（I871年） 经蚝壳港（蚵壳港）横西至公地尾，即沿原之副流转南经士城仔合第一次改道之下游转西由鹿耳门出海，以致建于康熙五十九年（1720年）在鹿耳门南岸的天后宫被冲毁于该溪流中，蚝壳港南边的 芦竹仑则整村被毁而徙至现之海寮南边而为新吉在（新结集村庄之意）。

1904年，曾文溪又改道由三股溪经国赛港入海，十份塭被冲毁而迁至公地尾西南处重建村落。

1911年，曾文溪山洪再发后改道由十份塭、青草仑入海，蚵壳港整庄被毁，其庄民四散，另十份塭亦再被冲毁，成为河川溪床的一部分。

1931年，曾文溪治水工事兴工，使得曾文溪沿岸许多村庄如檨仔林、金德丰、五块寮、十份塭等村庄又被迫大举迁庄，例如此时十份 塭复迁回原在址南侧溪边建庄，部分则另于其南结在下十份塭，及其东而为溪埔。须至1938年六月1日治水工程告竣时，此 一居民戏称为“青冥蛇”的曾文溪，其四处乱窜的溪道始固定，也一直到此时居民备受威胁的生活空间才大略底定。