木古内站（日语：木古内駅〔木古內驛〕／きこないえき Kikonai eki）是位于北海道上矶郡木古内町字本町的铁路车站，由北海道旅客铁道（JR北海道）及道南渔火铁道共同营运。其中JR北海道管理新干线车站范围，道南渔火铁道则接管了原JR北海道江差线的在来线月台及周边设施。目前为北海道最南端的车站，并设有站员驻场，其中JR北海道为全日站员驻守、道南渔火铁道为日间站员驻守。站名来自所在地名，源自阿伊努语的“rir-o-nay”（潮水流入的河川）。

站内设有人工窗口、自动售票机、垂直电梯及AED急救设施

为2层高的站房，地下为车站大堂，2楼则为候车月台，设有侧式月台2个，另外中央位置另设有通过线1条，为2面3线的配置，与奥津轻今别站的设计相同，有效长度为10辆。

车站为地面车站，但售票大堂则设于行人天桥上，为跨站式站房。设有侧式月台1个、岛式月台2个，合共3面5线的配置。其中侧式月台为1号月台，最近新干线站舍的岛式月台为4、5号月台。