北海道旅客铁道股份有限公司，简称为“JR北海道”或“JR Hokkaido”，是1987年4月1日日本国有铁道（JR）分割且民营化之后，七个新成立的铁路公司之一。JR北海道是以日本北海道地区作为主要的营业范围，其企业识别色是淡绿色，属于日本国内第一种铁道事业者的分类。

北海道旅客铁道在日本国铁分割民营化后，自原本的日本国有铁道承袭了21条共3176.6km的铁道路线，113.0km的铁路渡轮航线，以及相关的公共汽车路线事业。与四国旅客铁道、九州旅客铁道同样，由于经营北海道这种偏远地区的公共运输事业，使得JR北海道先天的营运基础就很薄弱。为了解决问题，国铁拆分时特别成立了独立行政法人铁道建设运输设施整备支援机构国铁清算事业本部（设置当时原称日本国有铁道清算事业团），由该单位100%拥有JR北海道的股份，而成为股票没有上市的特殊营运事业体。

在接手之后，北海道旅客铁道进行了大规模的路线整顿，包括将所有特定地方交通线在内、共764.0km长的8条铁路线废止，与新开2条共90.4km长的新线，以及修改特定路线而减少了3.2km长的距离，使得总路线长度剩下2488.3km（2020年5月7日统计）。其中包括1条新干线共148.8km，5条干线共1311.8km与9条地方交通线共1027.7km。

铁路渡轮航线青函航路，则是在青函隧道开通之后于1988年时废止。2000年4月1日时，JR北海道将旗下的公共汽车事业全部转交给子公司“JR北海道巴士”（ジェイ・アール北海道バス）营运。

1987年4月1日，日本国铁分割民营化，北海道旅客铁道成立。

1987年7月13日，幌内线（岩见泽站~几春别站）废线。

1988年2月1日，松前线（木古内站~松前站）废线。

1988年3月13日，海峡线开通，卧铺特急列车“北斗星”与快速列车“海峡”开始营运。

1988年3月14日，青函航路（青森站~函馆站）废止。

1988年4月25日，歌志内线（砂川站~歌志内站）废线。

1989年4月30日，标津线（标茶站~根室标津站、中标津站~厚床站）废线。

1989年5月1日，名寄本线（名寄站~远轻站）、天北线（音威子府站~南稚内站）废线。

1989年6月4日，池北线（池田站~北见站）废线。路线的经营权移交由非营利法人北海道池北高原铁道（北海道ちほく高原鉄道）经营，命名为“故乡银河线”（ふるさと银河线），但最后却因营运资金调度困难，在2006年4月21日再次废线，北海道池北高原铁道也随之解散。

1990年9月1日，使用785系电联车的特急列车“超级白箭号”（スーパーホワイトアロー）开始营运。

1992年7月1日，千岁线支线（南千岁站～新千岁机场站）开始营运。

1994年3月1日，使用281系柴联车的特急列车“超级北斗号”开始营运。

1994年5月16日，函馆本线上砂川支线（砂川站~上砂川站）废线。

1995年9月4日，深名线（深川站~名寄站）废线。

1995年12月4日，JR北海道本社自原本的札幌车站内移出至桑园车站前的新本社大楼。

1996年1月10日，包含北海道旅客铁道、九州旅客铁道与四国旅客铁道在内的三个离岛铁路公司修改了新的票价制订政策，JR集团不再遵循单一票价结构，与本州岛上的诸JR公司之间开始有票价差产生。

1997年3月22日，使用283系柴联车的特急列车“超级青空号”（スーパーおおぞら）开始营运。

1998年11月21日，导入自动补票系统。

2000年3月11日，使用261系柴联车的特急列车“超级宗谷号”（スーパー宗谷）开始营运。

2000年4月1日，旗下公共汽车事业转移由子公司JR北海道巴士（ジェイ・アール北海道バス）经营。

2001年6月22日，修正版的JR公司法开始施行（2001年6月15日通过），将本州岛上的JR三社排除，主要是针对北海道旅客铁道、九州旅客铁道、四国旅客铁道与日本货物铁道四家公司进行协助，以辅导全部的JR集团成员完成股票上市完全民营化为最终目标。

2002年12月1日，使用789系电联车的特急列车“超级白鸟号”（スーパー白鸟）开始营运，快速列车“海峡号”废止。

2003年3月6日，位于札幌车站南口的车站大楼“JR塔”（JRタワー）启用。

2006年3月18日，北海道内起讫的所有列车全面禁烟化。

2011年5月27日，石胜线特别快速列车在隧道内脱轨倾覆并发生大火，造成39人受伤送医治疗。9月12日，北海道旅客铁道社长中岛尚俊在留下遗书给亲友与公司相关人士后，在石狩市海岸线投海自杀。

2014年5月12日，江差线江差站~木古内站废止。

2016年3月26日，北海道新干线新函馆北斗站~新青森站开通，与东日本旅客铁道东北新干线开始直通运行。江差线木古内站~五棱郭站移交道南渔火铁道的道南渔火铁道线运行。12月5日，留萌本线留萌站~增毛站废止。

2018年9月6日，北海道地震，JR北海道管内全部路线停止运行。7日路线逐渐恢复。

2019年4月1日，石胜线夕张支线（新夕张站~夕张站）废止。

2020年5月7日，札沼线北海道医疗大学站~新十津川站废止。

北海道新干线：新函馆北斗站~新青森站：148.8km

函馆本线：函馆站~小樽站~旭川站：423.1km+大沼站~渡岛砂原站~森站：35.3km

室兰本线：长万部站~追分站~岩见泽站：211.0km+室兰站~东室兰站：7.0km

根室本线：泷川站~带广站~钏路站~根室站：443.8km

石胜线：南千岁站~新得站：132.4km

千岁线：沼之端站~白石站：56.6km+南千岁站~新千岁空港站：2.6km

留萌本线：深川站~留萌站：50.1km

宗谷本线：旭川站~名寄站~稚内站：259.4km

石北本线：新旭川站~北见站~网走站：234.0km

钏网本线：网走站~东钏路站：166.2km

富良野线：富良野站~旭川站：54.8km

海峡线：中小国站~木古内站：87.8km

札沼线：桑园站~北海道医疗大学站：28.9km

日高本线：苫小牧站~鹉川站：30.5km