戊戌变法失败，光绪被囚于瀛台，慈禧太后再次垂帘听政。北京城内一位医师杜仲（
郭晋安饰），生性自负，恃才傲物，对到来求医之达官贵人也不屑逢迎，不时摆出臭脸，却因医术高明反而得到一众权贵青睐。其时慈禧太后（
罗兰饰）身染怪病，杜仲奉命入宫，凭着敏锐触觉迅速治好之。慈禧对杜仲大为欣赏，破格封杜仲为御医。
杜仲进入太医院后，获指派专责宫中奇难杂症，凭着天赋一一拆解悬案。其后，杜仲又因揭破皇帝光绪（
敖嘉年饰）遭人慢性下毒，得到皇上的信任。杜仲发觉光绪实是有为君主，可惜处处受人制肘，有志难伸，遂设法令他重新振作，自己却不自觉卷入连场政治风暴。
杜仲当年为报救父之因，迎娶世交残障女儿洪百合（
贾晓晨饰）为妻，惟妻子不能生育，杜仲遵从家人和岳父意见纳跌打馆继承人伏苓（
杨怡饰）为妾。成亲当晚，伏苓竟与情郎私奔，杜仲眼见伏苓宁死不屈大为感动，写下休书成全二人。惜伏苓南下广州后遭情郎抛弃，继而投身革命行列，从事情报工作。
伏苓奉命返回京城，与杜仲重遇，因经常上门为其妻百合按摩推拿而成为好友。伏苓觑准杜仲的御医身份，经常出入皇宫，遂利用杜仲穿针引线，藉着与杜仲合力医病，与潜入宫中收集情报。二人合力破解了不少“医案”，日久生情。
随着八国联军攻入京城，杜仲和伏苓历经生死，终确认彼此深情，惟伏苓深怕革命党员身份祸及杜仲，只得按捺爱意。然而纸始终包不了火，伏苓身份终被揭开，杜仲内心挣扎。同时，革命党人为免杜仲揭露秘密，竟命伏苓杀人灭口。
该剧以真实历史做故事背景，重重悬案为引子，从御医的视角，记载了清末的治乱及宫廷恩怨。郭晋安与杨怡首度合作，默契十足。一个是治病、查案两不误的医神，一个是靠巧手推拿得以自由游走后宫，实则潜入宫中做“卧底”，寻找失联“线人”的革命党成员。男女主角多重身份交织，堪称古装版《使徒行者》（钱江晚报评）。