本愿寺投降后，显如遂隐居，由三男准如继承门主。1591年，在丰臣秀吉帮助下，于京都崛川六条重新建立新本山，此后直到今天，都为本愿寺之本山所在。

十二代 准如 1577～1630.11.30

俗家名：大谷光昭

当时，显如之子教如因不满其父同信长议和，乃与显如脱离父子关系，在京都自立山门，为东本愿寺，而准如之本愿寺，称西本愿寺。至自，本愿寺分为东西两家。准如一脉的西本愿寺法统，被称为“真宗本愿寺派”，仍以正统自居；教如一脉的东本愿寺法统，被称为“真宗大谷派”。东西本愿寺同位于京都，已成为一道文化风景线。两寺并列为日本国宝，而西寺更被联合国教科文组织列为世界文化遗产。