朱三太子案是指以明朝皇族后裔为名义而反清复明的事件，以故国旗号，拥立朱明后裔，起兵对抗朝廷，是不少起义者在明清鼎革之际所反对清朝的一种手段。康熙年间历史上真实的“朱三太子”案件却有十起之多。

明崇祯十七年三月十九日清晨，明朝末代皇帝崇祯帝朱由检在煤山寿皇亭旁自缢而死，时年33岁。前夜周皇后在坤宁宫悬梁自尽，崇祯挥剑杀死了幼女昭仁公主，长女长平公主右手被斩断昏死过去。袁贵妃自缢的时候绳索断裂，崇祯冲上去补了三剑。随后崇祯命心腹太监将三位皇子乔装改扮送出宫去。

三月十九日上午大顺军进入紫禁城，围绕崇祯帝的下落，城内谣言纷起，直到二十二日，才在煤山发现了崇祯的尸体。权将军刘宗敏命人把崇祯夫妇的尸体一起陈放在东华门外，强令京师百姓观看，以正视听。

崇祯的尸身以发覆面，一只脚赤足，衣衫零乱，尸臭四溢，状况惨不忍睹。陈列三日后，明朝兵部主事刘养贞将二人葬于昌平银泉山田贵妃的墓中。虽是亡国之君，却少不得有一番盖棺定论，大顺政权在《永昌元年诏书》中评价道“君非甚暗”。四月三十日，大顺军退出，五月初二日，清摄政王多尔衮率军占领了无人管理的北京。

清朝在北京定都后，明朝皇室后裔和遗民相继建立了弘光、隆武、鲁监国、绍武、永历等割据政权。明朝有这些抗清的旗帜，自然不必再去寻找遁迹民间的皇子。直到1662年南明永历帝被吴三桂杀死，南明最后一个割据政权灭亡，清朝也进入了康熙时代，思念明朝的人才打出“朱三太子”的旗帜，所谓朱三太子仅是清康熙年间的人怀念明朝后代的一种通称，不一定确指是谁，称朱三太子乃是因为崇祯末年见存的皇子有太子、定王、永王三人。根据《清实录》、《东华录》等书记载，康熙朝破获和朱三太子有关的案件就有多次。

例如康熙十二年十二月二十二日杨起隆以“朱三太子”名义在京城纠众反清，并建广德年号，但旋即失败。失败后，杨潜逃。直到康熙十九年在陕西汉中、兴安一带又有一个自称朱三太子的人，秘密进行反清活动。但清廷并未能将该人捕获。

康熙十六年三月二十日夜，漳州人蔡寅打着“朱三太子”的旗号，率“白头军”数万人起事，然后活动于南靖、长泰、同安等县山谷间。

康熙十六年六月河南柘城有人诈称明皇子起事。

康熙十八年八月受命平定三藩的定远平寇大将军、安亲王岳乐在湖南武冈州枫木岭俘获了传说中的明太子，十二月岳乐奉旨将明太子解送京师，加以杀害。

康熙三十八年，康熙帝南巡从杭州归途经过南京谒明孝陵后，谕大学士等：“访察明代后裔，授以职衔，俾其世守祀事。”这是公开物色明后裔，授一官职的开始。顺治年间，清兵全力对付明朝残余势力，无暇顾及逃匿民间的皇子，康熙年间，部分明朝遗民以及部分别有用心者不断以“朱三太子”名义起事，清廷也开始加紧物色。所以当时康熙这样的上谕，无非是使海内闻风，或有自投罗网的明裔，诱之以利翦除。因此诸臣奉谕后，隔五个月才复奏：“明亡已久，子孙湮没无闻，今虽查访，亦难得实。”后来康熙三次南巡，皆祭明孝陵，但再也不提访察和授职一事了。

康熙四十四年前后，江苏太仓一念和尚和浙江大岚山张念一、张念二等又以“朱三太子”名义打出反清复明的旗号起事，分别活动于江苏太仓

康熙十八年（1678），陕西汉中、兴安一带有人自称“朱三太子”起兵抗清，后被抚远大将军图海击败逮捕。此人自称杨起隆，经杨起隆家人及其同伙辨认，得知此人曾是杨起隆部下，知道事情原由，因此借“朱三太子”之名谋划造反。康熙十九年(1690)，假杨起隆被押往北京处死。

康熙三十八年（1698），江南金和尚拥立一个七十多岁的老头为“朱三太子”，聚众太湖，密谋在康熙南巡时将其劫持，关键时刻由于发炮不鸣，最后双双被捕伏诛。

康熙四十六年（1707）十一月，江苏太仓州与浙江四明山几乎同时暴动，且首领都以“朱三太子”为号召，因此引起了康熙的特别重视。他一边亲自批阅奏折，部署追捕方案；一边派人乔装打扮，细访贼人老巢；并特别强调一定要立即缉捕所有涉案人员，与现获贼犯一并审结。

康熙十二年（公元1673年）十二月与黄吉、陈益联络北京附近一些反清义士密谋反清复明，组织“中兴官兵”，自称“朱慈炯”，为明朝“朱三太子”，改年号为“广德”。后遭纳兰明珠、图海等率兵镇压，失败逃走，黄吉与陈益被杀。康熙十九年（公元1680年）在陕西凤翔被图海逮捕，送回北京处死。

《清稗类钞》的“朱三太子案”原文：

张先生者，初不知其何许人也。康熙癸亥春，蓬莱李力远晤之于路氏筵次，见其丰标秀整，议论风生，因私询其从来，主人曰：“先生姓张，字潜斋，浙中名士也。学渊博，且工手谈，精音律，今为张氏西席，特邀之与会饮春酒耳。”是日宾朋杂沓，张与李情意殷殷，若素相识。越二日，投刺谒李，以绫质诗扇为赠，自是为文字之交者半载余。一日，张忽过李，言欲附舟南行，来告别，家有数口，米薪悉出自居停，但月须钱千文为蔬菜资。李唯唯，乃按月遣送，如是者又半载余。乙丑，李赴春闱，旋归，知张已携眷南旋矣，自此不相问者十余年。丙子，李任饶阳县令，兼署平山，会噶尔丹叛，李措办军需，日无宁晷。张至饶访李，李无暇与谈，匆匆赆之。

丙戌季冬，李解任家居，张偕二子至，曰：“江左连岁水荒，不得已，就食山左弟子张岱霖家，今请求荐一馆以餬口。”李曰：“岁暮矣，他家来岁之馆，久已聘定。予有孙数人，皆童蒙，幸为不屑之教可乎？”张曰：“善。”因留居焉。亦时至岱霖家，旬日即旋。戊子初夏，四月初三日，李方与张弈，忽有营兵官役捕张之父子及李去。解至省城，抚军坐后堂，藩臬列左右，旁无一役。先问李曰：“尔读书为官，当知理法，何窝藏朱某为不轨事？”李曰：“予仅知读书，门外之事，亦不与闻，不知谁为朱某，予从不敢作犯法事。”抚军曰：“汝家塾师为谁？”李曰：“塾师为张用观，南方人，二十年前，在东平州张家设帐，曾识之。前年十二月，其父子来吾家，谆言寻馆度日，予有孙数人，乃令从之读书。朱之不法事，实不知也。”抚军曰：“彼在南方姓王，山东姓张，汝不知乎？”李曰：“不知。”又唤张父子至，问曰：“汝何人？”曰：“吾乃先朝皇子朱慈焕，原封定王，事至今日，不得不说实情。”又问曰：“汝何以在浙？”曰：“崇祯末年，流贼围京城，先皇将吾交王内官，匿民间。城破，王献之闯贼，闯又交杜将军。未几，吴三桂与大兵杀败流贼，各自奔逸，贼中有一毛将军，携吾至河南，弃马买牛，种地年余。当道查捕流贼甚急，彼遂抛吾而逃。时吾年甫十三，自往南行。至凤阳，遇老乡绅王某者曾为先朝御史，执手悲泣，留于其家，遂改姓王，偕其子同学读书。又数年而王病故，吾年十八九，乃渡江而南，投寺削发。后游浙，止一古刹，有余姚人胡姓，亦宦裔，偶来寺，与我谈经论文，大诧曰：『子才学如此，何为流于空门？』乃延至其家，改易衣帽，劝蓄发。其室旁有小园半亩，茅屋数间，俾吾居其中，后又以女妻焉。此吾所以为浙人而曰王某也。”抚军曰：“今有江南两处叛案，皆称扶尔为君，恢复明朝，尔往浙中质之。”时四月初六日也。

当日，抚军将口供缮写题疏，即将张与李起解南行，骡轿四乘，解官数员，为东兖道萧某、抚标中军陈某、都司张某及守备千把等，率领马步兵数百，及沿途接者，日有千人。十四日至淮安，易舟。二十二日至杭州，在贡院质审，上坐者钦差少宰穆旦，次镇杭将军，次两江督，次浙闽督，次苏抚于，次浙抚王。问张曰：“汝是王士元乎？”张曰：“吾本姓朱，名慈焕，改名王士元，是实。”又问曰：“汝既为朱，某朝廷待汝不薄，何为谋反？”曰：吾数十年来改易姓名，冀避祸耳。今上有三大恩于前朝，感戴不忘，何尝谋反？”又问曰：“三大恩为何？”曰：“流贼乱我国家，今上诛灭流贼，与我家报仇，一也；凡我先朝子孙，从不杀害，二也；我家祖宗坟茔，今上躬行祭奠，命人洒扫，三也。况吾今年七十五岁，血气已衰，须发皆白，乃不反于三晋变乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？吾因年荒米贵，在山东教读度日，居近通衢，密迩京师，尚敢有谋反之事乎？”问官曰：“今有大岚山叛贼张某，口称保汝，何得强辨？”遂带张至。时李与张同在案前，问曰：“汝认谁是朱某？”张熟视之，曰：“不认。”又问曰：“汝前供扶助朱某，今日何又不认？”张曰：“第假其名义以煽动人，实不相识。”又问李曰：“彼在汝家教读时，亦知其姓朱乎？”李曰：“知其姓张，且不知其姓王。”又问曰：“张在汝家将二年，汝岂不知？可实言。”李曰：“彼在我家，亦西宾耳，我曾为命官，先人曾受诰封，朋友重乎，君父重乎？我纵不知轻重，也知利害。我若知情，岂不藏之深山幽谷，而乃令居我家，在官道之旁，与城市亲知，饮酒作诗，人虽至愚，不至于此。”又问李曰：“汝言饮酒作诗，都是何类人？”李曰：“我尚不知，何况他人？东平汶上之士人，求其写册页及扇者不止一人，大人体皇上好生之心，亦不肯波及无辜之士。况山东至浙江，隔二三千里，南方之事，何从得知？今在台下，如对天颜，不敢一字虚伪。”

至是，上坐者谕臬司曰：“朱某、李某均非强盗，可将狱神庙收拾洁净，茶饭留心照管，委官看守。”是晚即宿狱庙。时有委员二人，一靳一陈，又有千夫长鲁姓者，豪爽人也，见朱、李而深敬之，朝夕谈笑，或对楸枰，或观杂传，聚饮欢歌，忘其身在囹圄中矣。月余，将东平州张某解到，遂提张、李同至后堂。张已先在，审官仍六人，问李曰：“张某供称朱某在汝署主稿，汝与朱深交，张仅有一面之识，然乎？”李曰：“凡州县官主稿者，非刑名即钱谷，朱某只能作诗下棋，我请其主棋稿乎，主诗稿乎？彼时皇上亲征噶尔丹，我又代理平山两县，昼夜措办军需，朱某过饶，次日即行，送赆则有之，实无主稿之事。二十年前，彼曾在张家教读，眷亦在张家，彼时我方识之。张某，汝今在公堂上，须实言，天地鬼神，庸可欺乎！”张语塞。又问朱曰：“汝识张否？”朱曰：“彼从我读书数年，是我之学生，岂不识之？”问官遂大怒，严刑究讯张某。既而江南解一和尚至，太仓奸僧也，素行不端，曾铸假印，伪造定王札符给与愚民，煽惑作乱。及提朱对证，又云不相识，惟与贼党叶某为异姓兄弟，而又缔姻盟，事犯于江宁，既被缉获，遂解杭。

迨部覆至，见判语云：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心，应拟大辟以息乱阶。细询李某，坚供不知情，然在伊家捉获，且住有年余，说不得不知情。合以知情而不出首之例，流徙三千里。”至是，遂以签发宁古塔定案矣。旨云：“着穆旦多加兵丁，沿途防护，将朱某带至京中，问明正法。”时七月十一日，将大岚山众犯处决，十二日登舟起解，十五日至苏，因尚未发落太仓奸僧，又住月余，分羁两处。至八月二十三日，复登舟北行，至淮安，易骡轿。九月十七日入都，朱送刑部狱，李在户圈。越数日，即将牵连人百余名，分三起充发，一宁古塔，一齐齐哈尔，李发伯都讷，朱即弃市。时朱家在余姚，有一妻二子三女一媳，闻事发被捕，皆投绶，六命俱尽。朱某，初曰张潜斋，亦曰王士元，即世所传朱三太子是也。

或曰，朱三太子乃杨起隆所托名，令其党李株等纠约满洲各官家奴，将于元旦起事，经监生郎廷枢上书告变，圣祖密遣捕获株等二百余人诛之，谨言始息，起隆旋亦就获，处以极刑。

《清圣祖实录》的“朱三太子案”原文：

先是、奉差查审大岚山贼吏部侍郎穆丹押解贼犯朱三、即王士元等父子六人至京、下九卿詹事科道会审。至是九卿等覆奏朱三供、伊系崇祯第四子。查崇祯第四子、已于崇祯十七年前身故。又遵旨传唤明代老年太监、俱不认识。朱三明系假冒。朱三父子、应凌迟处死。得旨、朱三即王士元、着凌迟处死伊子朱𡋰、朱?、朱壬朱在朱坤、俱着立斩。

一起案件发生在南方的太湖，有一和尚诈称拥立朱三太子，企图将康熙帝玄烨遮杀在南巡中。因准备疏忽，发炮不鸣，结果悉数被捕，逮至京城，交由吏部侍郎穆丹会同九卿科道反复审讯，查明所谓朱三太子实属假冒，真名王士元。康熙四十七年（1708年）十月初五日，按照皇帝旨意，将王士元凌迟，其五个儿子处斩，其余人等发配宁古塔永远充军。《清朝野史大观》卷三和《清圣祖实录》均有介绍。

又一起案件发生在山东汶上县，有一老者长期在李来朋家里充当私塾，循规蹈矩，却没能逃过清廷鹰犬的魔爪。在严刑拷问下，老者供认自己就是明末的定王，李自成退出北京时，将他裏胁到河南，乘虚逃亡安徽，辗转到浙江，最后流落山东，隐姓埋名。他有六个儿子，字辈为“和”，末一字均为“土”部，正好与朱元璋《祖训》中所规定的字辈完全吻合。其孙名钰宝，含有“临御宝座”之意。康熙帝审阅了全部案卷，明知此人确系崇祯帝的儿子，但杀之无名，于是硬说他是假朱三太子，重演摄政王在顺治初年杀明太子的故伎。这位一生颠沛流离，没有丝毫反清言行的75岁老翁连同其家人全部抄斩。孟森先生《明烈主殉国记》对这一起朱三太子案件作过多方位考证，确信此朱三太子为真。该文收入商鸿逵先生为孟氏编辑的《明清史论著集刊》上册。有关此案的详细调查材料，可参考《史料旬刊》第二期收录的康熙四十七年直隶巡抚赵燮的奏折。此朱三太子即定王朱慈炯。

在《清圣祖实录》（康熙四十七年丁未条）里，九卿向玄烨覆奏朱三太子案时说：“查崇祯第四子已于崇祯十七年前身故。”意即在明朝灭亡前永王已死。这一结论完全没有依据。后世的史学研究者经多方考证，已弄清太子和定王的结局。明太子在1644年冬被杀，还是个刚满15岁的少年（“北都太子案”所杀太子）；定王在1708年被杀，已是个75岁的衰翁。

关于永王的下落，据李连昌先生的研究，在遵义红花岗区发现的《邹氏家谱》（两册）载：“甲申三月，流贼陷京师，天子之宝器竟行焚毁，悲伤我崇祯帝祖以帛自缢于山亭”，“邹元标子邹之麟（江西吉安府泰和县玉河街一里三铜桥人氏），保护永王潜逃来四川遵义府马桑窝梧桐街，又，西乡里又一甲苦竹桠学堂堡为永王避难之地。”邹之麟保护永王下到遵义，为避难朱慈炤改姓邹，取名邹启贵，邹之鳞后返回江西原籍。从邹启贵（朱慈炤）已传13代，现邹氏分为6支，100余户，300多人。在邹氏内严格规定：邹姓与朱姓不准通婚。邹启贵从京师逃出，带有信物，其中朱慈炤玉印一枚，按长门长子相传，后传于遵义县三岔河一房中，民国中期犹在，第10代邹万福亲眼所见，并告之其子邹代林。以上叙述基本上可以说，崇祯皇帝的后人在遵义。

又据贵州大学历史系教授兰东兴先生的考证：“崇祯皇帝后代在遵义”。今凡先生在“崇祯皇帝后代流落遵义考”中说：“既然永王朱慈炤在明末清初没有死于他人之手，那么邹之麟护送他来到贵州就有可能。既然邹之麟返回原籍江西，留在贵州的就只能是朱慈炤。既然邹启贵被其后代尊称为入黔始祖，那么朱慈炤和邹启贵就是同一个人。”